運動單胞菌基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)模擬.pdf

1、構(gòu)建基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)模型對于生命科學(xué)理論研究以及通過代謝工程優(yōu)化菌種等生產(chǎn)實踐具有重要的意義。
　　 運動單胞菌是著名的乙醇生產(chǎn)菌,以葡萄糖為碳源其乙醇得率與理論值十分接近,而且運動單胞菌也是研究ED途徑及丙酮酸脫羧酶的重要模式細菌。所以為運動單胞菌構(gòu)建基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)模型無論從優(yōu)化乙醇生產(chǎn)還是研究菌體代謝活動的角度,都具有重要意義。
　　 本論文為運動單胞菌ZM4菌株構(gòu)建的模型是世界上首個運動單胞菌基因組尺度代謝網(wǎng)

2、絡(luò)模型。
　　 本論文首先介紹了構(gòu)建基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)模型的一般性流程以及模擬的原理和方法。然后詳細介紹了運動單胞菌基因組尺度代謝網(wǎng)絡(luò)模型構(gòu)建的具體步驟,概括來說包括:從KEGG等數(shù)據(jù)庫提取原始數(shù)據(jù),原始數(shù)據(jù)的核對和校正,建立反應(yīng)數(shù)據(jù)庫和數(shù)據(jù)關(guān)系模型,精煉反應(yīng)數(shù)據(jù)庫,通過計算校正模型。
　　 然后利用構(gòu)建的模型進行了較復(fù)雜的模擬,包括Robustness分析,表型相平面分析,以及基因敲除模擬,并且不同分析方法的模擬結(jié)果之