斯氏假單胞菌（Pseudomonas stutzeri）A1501的基因組學(xué)研究.pdf

1、斯氏假單胞菌A1501是我國(guó)科學(xué)家于1980年自稻田分離到的一種聯(lián)合固氮菌。該菌在微好氧狀態(tài)下具有明顯的固氮活性，而且固氮產(chǎn)物能夠迅速被水稻直接吸收利用。20多年來(lái)，我國(guó)科學(xué)家對(duì)該菌進(jìn)行了系統(tǒng)的研究，在深入了解該菌固氮活性的基礎(chǔ)上，進(jìn)行了菌種的改造開發(fā)，以該菌為出發(fā)菌株的耐銨固氮工程菌是我國(guó)第一例進(jìn)入商品化生產(chǎn)階段的植物用基因工程固氮菌?！　榱烁玫拈_發(fā)和利用該菌株，我們對(duì)該菌進(jìn)行了基因組學(xué)研究，采用全基因組“shotgun”的方法

2、，并在實(shí)際造作中進(jìn)行了技術(shù)改進(jìn)。我們構(gòu)建了插入片段分別為2-4K(S文庫(kù))和4-6K(L文庫(kù))的基因組隨機(jī)文庫(kù)。對(duì)L文庫(kù)進(jìn)行兩端測(cè)序，打造基因組的框架，對(duì)S文庫(kù)進(jìn)行單向測(cè)序，填充框架內(nèi)信息。通過(guò)大規(guī)模、高通量的測(cè)序平臺(tái)，我們最終獲得了50408個(gè)有效reads，平均有效長(zhǎng)度為609bp，總長(zhǎng)度30.7M。經(jīng)過(guò)幾輪補(bǔ)GAP反應(yīng)、計(jì)算機(jī)拼接以及低質(zhì)量區(qū)域核實(shí)，最終得到A1501的基因組精確圖。　　斯氏假單胞菌A1501的基因組全長(zhǎng)4567

3、418bp，編碼4145個(gè)ORFs。與已經(jīng)完成基因組測(cè)定的三個(gè)假單胞菌P.aeruginosaPA01、P.putidaKT2440和P.syringaepv.tomatoDC3000相比，其基因組長(zhǎng)度以及編碼ORFs的數(shù)量只是其他三株的73％左右，但是編碼區(qū)占基因組的比例相差不大。蛋白同源性比較表明，A1501菌的4145個(gè)ORFs中有2734個(gè)可以在PseudomonasputidaKT2440中找到對(duì)應(yīng)的同源蛋白；有2560個(gè)OR