蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)拓撲建模及其應(yīng)用研究.pdf

1、蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)決定其生物功能，拓撲是對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的高層描述。預(yù)測蛋白質(zhì)的核心拓撲模式，不僅有助于解構(gòu)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)，而且有助于設(shè)計和改造藥物結(jié)構(gòu)。本文面向蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的預(yù)測，研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)拓撲建模技術(shù)，一是基于折疊模式的蛋白質(zhì)拓撲建模及其應(yīng)用，二是一類特定蛋白質(zhì)的拓撲建模及其應(yīng)用。
　　 折疊模式是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)拓撲的一種分類表達。本文利用一個基于SCOP結(jié)構(gòu)庫折疊模式預(yù)測器輸出的待測蛋白質(zhì)的折疊模式，將SCOP中相同折疊模式的蛋白

2、質(zhì)結(jié)構(gòu)作為生成片段庫的重要基礎(chǔ)，生成了高質(zhì)量的片段庫。將這種片段庫應(yīng)用于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測中的一些難題，表明采用本文方法的片段庫很好地提高了結(jié)構(gòu)預(yù)測的精度。
　　 蛋白質(zhì)中一類特殊的G蛋白偶聯(lián)受體(GPCR)具有特定的拓撲，GPCR特有的7個α跨膜螺旋決定了它的主要拓撲特征。本文基于一種預(yù)測跨膜螺旋二維結(jié)構(gòu)的方法，抽取出跨膜螺旋空間距離約束，同時又總結(jié)出跨膜螺旋與膜的朝向以及在膜中的傾斜角度兩種約束，以此為基礎(chǔ)開發(fā)了一個應(yīng)用了三種拓