利用基因網(wǎng)絡(luò)控制代謝產(chǎn)物產(chǎn)量的方法研究.pdf

1、酵母細(xì)胞中的代謝通路是相互聯(lián)系又是相對(duì)獨(dú)立的整體，代謝通路之間具有協(xié)同關(guān)系。基因處于這些代謝模塊中，對(duì)模塊的運(yùn)行起著重要的作用?？偟拇x模塊、子模塊及模塊內(nèi)某些特殊基因在表達(dá)水平上可能會(huì)有一些相關(guān)性，因此，研究代謝通路之間及基因與通路之間的關(guān)系，對(duì)我們獲得并提高某一特定代謝產(chǎn)物產(chǎn)量有重要的指導(dǎo)作用。
　　 大部分細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)的表達(dá)水平與mRNA的量是一致的。因此，基于以上分析，本課題查閱了大量的網(wǎng)站信息，最后選取斯坦福大學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)

2、中的酵母芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行歸類整理，選取每張芯片中CH1(環(huán)境變化前mRNA的量)與CH2(環(huán)境變化后mRNA的量)的值，做成了一個(gè)小型的數(shù)據(jù)庫(kù)，以這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)為分析基礎(chǔ)，重點(diǎn)研究了酵母脂類代謝模塊，利用芯片數(shù)據(jù)分析了脂類模塊中對(duì)模塊的總基因表達(dá)量起主要作用的基因，建立了對(duì)模塊表達(dá)量起主要作用基因的生物信息分析方法。另一方面，利用ORIGIN作圖分析了脂類代謝13個(gè)子模塊中與模塊表達(dá)趨勢(shì)一致的基因，發(fā)現(xiàn)了YHR190W和YNR008W這兩個(gè)基因

3、與所在模塊表達(dá)具有一致性。這些都將為面向生產(chǎn)應(yīng)用的基因網(wǎng)絡(luò)改造工程提供重要的參考信息。
　　 本實(shí)驗(yàn)還對(duì)酵母細(xì)胞內(nèi)的β-氧化基因進(jìn)行了分析，初步構(gòu)建了代謝γ-癸內(nèi)酯的局部基因網(wǎng)絡(luò)。通過(guò)這個(gè)方法發(fā)現(xiàn)了與代謝γ-癸內(nèi)酯相關(guān)的潛在12個(gè)新基因，分別為ERG10、KGD1、LYS21、CIT2、ICL1、AAT1、DAL7、DAL3、ALT2、PCK1、PYC2和MAE1，對(duì)它們進(jìn)行分類后發(fā)現(xiàn)有的基因還存在于脂類代謝以外的其它代謝模塊，