基于文獻挖掘的人前列腺癌miRNA差異表達的生物信息學(xué)分析.pdf

1、目的：通過比較老年前列腺癌組織、癌旁組織和意外機械傷害去世的健康年輕人的前列腺的組織的miRNA表達的差異，從分子水平研究由于miRNA異常表達而引起前列腺癌的發(fā)生和發(fā)展，從而為臨床早期診斷和防治提供統(tǒng)計依據(jù)和新思路。
　　 方法：利用PubMed公共數(shù)據(jù)庫文獻挖掘健康男性年輕人前列腺組織細胞（B組）、老年男性前列腺癌旁組織細胞（C組）和老年男性前列腺癌組織細胞（D組）兩兩miRNA顯著表達差異比較，確定與前列腺癌相關(guān)的miRN

2、A的類別，并進行顯著差異表達的miRNA的靶基因的pathway、GO、功能注釋等的生物信息學(xué)分析。
　　 結(jié)果：健康男性年輕人前列腺組織細胞（B組）、老年男性前列腺癌旁組織細胞(C組)和老年男性前列腺癌組織細胞（D組）兩兩miRNA顯著差異表達的結(jié)果共有40個，去除重復(fù)的miRNA后有32個miRNA被篩選出來。其中B、C、D三組兩兩特異篩選出的有24個miRNA，兩兩公共特異篩選出8個miRNA。這些篩選出來的miRNA都在

3、圖1里已全部分類標識出來。在四個實驗驗證過的miRNA靶基因預(yù)測的網(wǎng)站上查詢這些篩選出來的14個與前列腺癌密切相關(guān)的特異miRNA的靶基因，因不同的miRNA可能有相同的靶基因，因此初步共篩選出2571個靶基因（含各個miRNA的重復(fù)靶基因），去除重復(fù)后剩下1736個不重復(fù)的靶基因。最后導(dǎo)入1731個可被DAVID識別的靶基因。最后通過矯正后篩選出187個靶基因注釋在20條KEGG通路中(p＜0.05）。通過代謝通路的富集度分析，我們發(fā)

4、現(xiàn)有20條通路顯示具有顯著的統(tǒng)計相關(guān)性，預(yù)示著這些途徑可能和前列腺組織的癌變有密切關(guān)系。三種GO結(jié)點的靶基因和pathway的靶基因的交集共有187個。這187個靶基因共被12個miRNA在前列腺癌組織細胞里調(diào)節(jié)。20條通路在癌變通路、慢性髓樣白血病、細胞循環(huán)、β轉(zhuǎn)化生長因子信號通路、前列腺癌、胰腺癌、p53信號通路、結(jié)直腸癌、肺小細胞癌、膀胱癌、Wnt信號通路、非小細胞肺癌、卵母細胞減數(shù)分裂、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、急性髓樣白血病、腎細胞癌、細胞

5、間沾著連接、軸突導(dǎo)向、泛素介導(dǎo)的泛素水解和神經(jīng)營養(yǎng)因子信號通路等方面起重要作用。
　　 結(jié)論：我們認為12個miRNA和其調(diào)節(jié)的187個靶基因是前列腺癌惡性轉(zhuǎn)化的重要基因，并對調(diào)節(jié)這些這些基因的miRNA基因進行深入的研究，將為揭示前列腺癌的分子機制、前列腺癌發(fā)生與其他癌癥的發(fā)生發(fā)展的關(guān)聯(lián)、開發(fā)最新的RNA藥物和靶向治療提供有效的統(tǒng)計參考。通過查詢已發(fā)表的文獻，證明篩選出來的12個顯著差異的miRNA中的Let-7i、 miR-