基于F-score和mRMR的蛋白質(zhì)熱點預(yù)測方法研究.pdf

1、蛋白質(zhì)相互作用熱點預(yù)測是功能蛋白質(zhì)組學(xué)中主要研究內(nèi)容之一。Clackson觀察hGH與hGHbp結(jié)合時發(fā)現(xiàn)極少數(shù)殘基釋放大量的能量，由此引起研究者興趣。之后研究者將這些極少數(shù)的發(fā)揮關(guān)鍵作用的氨基酸殘基定義為熱點殘基。熱點殘基不是均勻分布于蛋白質(zhì)相互作用的結(jié)合面，而是聚集在一起形成“熱區(qū)”。
　　熱點殘基的預(yù)測是一個復(fù)雜的問題，涉及蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)、序列以及結(jié)合面等方面。已有的熱點殘基的預(yù)測方法取得了一些成果，但是由于對決定熱點殘基的生

2、物學(xué)特征沒有充分的理解，熱點殘基預(yù)測結(jié)果還有改進的余地?；谔卣鞯姆椒ńY(jié)合機器學(xué)習(xí)算法避免傳統(tǒng)方法實驗周期長、計算代價高以及不能大規(guī)模應(yīng)用的缺點，是一個新興的研究方向。本文提出了一種基于多種特征預(yù)測蛋白質(zhì)熱點殘基的方法，首先，提取了多種與熱點相關(guān)的蛋白質(zhì)序列與結(jié)構(gòu)特征，然后利用了F-score和mRMR選擇蛋白質(zhì)氨基酸理化屬性的加權(quán)疏水性、加權(quán)殘基接觸數(shù)、結(jié)構(gòu)屬性溶劑可接近面積和殘基突出指數(shù)等特征，最后采用機器學(xué)習(xí)SVM算法對選定的數(shù)據(jù)