基于生物相關(guān)譜的化合物活性預(yù)測及其網(wǎng)絡(luò)服務(wù)實(shí)現(xiàn).pdf

1、近些年來，藥物研發(fā)一直面臨著高投入低產(chǎn)出的困境。通過研究，我們認(rèn)為造成這種情況的主要原因是藥物篩選使用的化合物庫的設(shè)計太過依賴于組合化學(xué)方法，導(dǎo)致化合物多樣性不夠，及其不可預(yù)知的藥代動力學(xué)ADME/T性質(zhì)。
　　 為了解決上述問題，2009年我們提出了生物相關(guān)性(BR)的概念，用于定量的衡量一個化合物對生物體代謝的重要性及其來源于生物合成的可能性。之前的研究表明，該指標(biāo)可以區(qū)分不同來源的化合物。同時，為了探索生物相關(guān)的化學(xué)空間，

2、篩選具有良好ADME/T性質(zhì)及生物活性的化合物，我們把在生物相關(guān)性的計算過程中目標(biāo)化合物和生物相關(guān)代表性化合物數(shù)據(jù)庫(BRCD)的相似性構(gòu)成的一個2000維的向量定義為生物相關(guān)譜(BRS)。BRS給出了目標(biāo)分子在生物相關(guān)空間中的分布，蘊(yùn)含了重要的結(jié)構(gòu)和活性信息。
　　 首先，本文使用主成分分析的方法對BRS的表征能力進(jìn)行了驗(yàn)證，結(jié)果表明BRS具有很強(qiáng)的化學(xué)信息表證能力。隨后利用MDDR數(shù)據(jù)庫中的活性化合物及ACD數(shù)據(jù)庫中非活性化

3、合物的BRS構(gòu)建了43個化合物活性預(yù)測模型(PoAct)。這些模型的訓(xùn)練集的平均精確率(Precision)達(dá)到97.03％，平均召回率(Recall)為94.20％;測試集的平均Precision為92.30％，平均Recall為89.51％。從統(tǒng)計數(shù)據(jù)可以看出其預(yù)測準(zhǔn)確度相當(dāng)高，其充分說明了BRS具有很強(qiáng)的化學(xué)信息挖掘能力和表征能力。
　　 最后，為了便于使用BRS進(jìn)行化合物篩選，本文還構(gòu)建了基于BRS的用于評估化合物可能活