二甲基精氨酸二甲胺水解酶的理論研究.pdf

1、研究蛋白質(zhì)與相應(yīng)配體分子復(fù)合物的結(jié)構(gòu)及配體與蛋白質(zhì)的相互作用對闡明蛋白質(zhì)的功能、作用機制和基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計具有重要的指導(dǎo)意義。目前，X-ray、NMR等技術(shù)為蛋白質(zhì)及其與配體復(fù)合物結(jié)構(gòu)的測定提供了有效的實驗手段。然而，實驗手段的局限性也阻礙著研究的進展。分子模擬技術(shù)既能有效克服實驗手段的局限性，也能為進一步實驗研究提供參考方向，其重要性和優(yōu)越性正日益受到人們的重視。二甲基精氨酸二甲胺水解酶（DDAH）可以調(diào)節(jié)一氧化氮合酶（NOS）的活

2、性。所以，能有效地調(diào)節(jié)DDAH的活性對治療由NOS功能紊亂引發(fā)的疾病有著重要的意義。本論文對二甲基精氨酸二甲胺水解酶-1（DDAH-1），二甲基精氨酸二甲胺水解酶-2（DDAH-2）進行了分子模擬研究。其研究結(jié)果對于治療NOS功能紊亂的藥物設(shè)計提供了一定的理論依據(jù)。 二甲基精氨酸二甲胺水解酶-2的研究。使用Modeler模塊模建其三維結(jié)構(gòu)，并用分子力學(xué)和分子動力學(xué)進行優(yōu)化。得到的構(gòu)象應(yīng)用Profiles-3D程序和Prochec

3、k程序評價其合理性。再利用Affinity柔性對接方法，進行了二甲基精氨酸二甲胺水解酶-2與小分子（底物非對稱二甲基胺-L-精氨酸（ADMA）、抑制劑L-瓜氨酸、抑制劑L-高半胱氨酸）的對接研究。分析對接結(jié)果，找出哪些力在對接過程中起主要作用，并找出相應(yīng)重要的氨基酸殘基。用Ludi測評三種配體與二甲基精氨酸二甲胺水解酶-2結(jié)合的情況。 二甲基精氨酸二甲胺水解酶-1的研究。利用分子力學(xué)和分子動力學(xué)的優(yōu)化獲得了更加理想的二甲基精氨酸