中國漢族人群散發(fā)性肌萎縮側(cè)索硬化癥的易感基因位點研究.pdf

1、目的:肌萎縮側(cè)索硬化癥(Amyotrophiclateralsclerosis,ALS)是一種致死性的神經(jīng)變性疾病。根據(jù)ALS遺傳特點,可以將其分為家族性ALS和散發(fā)性ALS。其中,散發(fā)性ALS作為一種復(fù)雜疾病,為環(huán)境和基因的共同作用的結(jié)果。全基因組關(guān)聯(lián)研究(Genome-wideassociationstudy,GWAS)為單核苷酸多態(tài)性(Singlenucleuspolymorphism,SNP)位點的高覆蓋率的研究方法。迄今為止,

2、運用GWAS技術(shù)已成功的發(fā)現(xiàn)了多種復(fù)雜疾病的風險致病基因?；贏LS的GWAS研究在西方人群中發(fā)現(xiàn)了大量的風險SNP位點,提示了可能的風險致病基因,為ALS疾病的發(fā)病機制提供新的研究方向。GWAS研究以及SNP位點驗證研究提示ALS的發(fā)病具有人群異質(zhì)性,不同人群ALS具有不同的致病基因。西方人群GWAS研究報道較為常見,但是關(guān)于中國漢族人群ALS患者的GWAS研究未見報道。中國人群中ALS的致病基因為何,中國人群的致病基因和西方人群是否

3、具有種族差異皆未知。本研究將通過Illumina芯片及SequenomeMassArray系統(tǒng)分型技術(shù),探討中國漢族人群和西方人群中ALS疾病風險SNP位點差異,并通過GWAS研究探索中國漢族人群ALS患者特異性的風險SNP位點,定位致病基因。
　　方法:在全國多家醫(yī)院的神經(jīng)內(nèi)科門診收集ALS病例,并通過其他門診及健康體檢中心收集與患者性別、年齡匹配的健康對照。經(jīng)過嚴格篩選,一共入組1,239例ALS患者,3,669例健康對照。1

4、)篩選其中的706例患者及1,777例健康對照,利用SequenomeMassArray系統(tǒng)分型技術(shù),驗證國外既往西方人群中發(fā)現(xiàn)的與疾病相關(guān)5個SNP位點,通過比較這些位點在中國漢族人群中患者與健康對照最小等位基因頻率(Minorallelefrequency,MAF)差異,探討這些風險SNP位點是否為中國漢族人群ALS的風險位點。2)篩選其中533例患者及1,892例正常對照,利用lluminaHuman660-QuardBeadCh

5、ip對被試進行全基因組基因分型,并將分型后得到的具有顯著提示意義的SNP位點納入到驗證階段。驗證階段在另外一組中國漢族人群中進行,利用SequenomeMassArray系統(tǒng)分型技術(shù)對這些SNP位點進行分型,并統(tǒng)計每個位點正常對照與患者組之間MAF差異。從而獲得具有統(tǒng)計學差異的SNP位點。3)查詢該SNP所在的染色體區(qū)域內(nèi)基因組重組率情況及與周圍其他SNP的連鎖不平衡情況,通過基因填補分析(Imputation)方法以明確該SNP可能提

6、示的易感基因。4)在多個西方人群中(美國、英國、法國、愛爾蘭、比利時、瑞典、荷蘭)3,500例患者及1,0035例健康對照中驗證在中國人群中發(fā)現(xiàn)的SNP位點,結(jié)合中國漢族人群驗證西方人群風險位點結(jié)果,探討ALS的發(fā)病是否具有人群異質(zhì)性。
　　結(jié)果:在中國漢族人群中驗證5個既往報道的ALS相關(guān)的風險SNP位點研究結(jié)果提示,rs10608932和rs3849942因偏離了遺傳平衡定律(P<0.05)而被剔除了。rs2306677,rs

7、10260404,rs2814707的MAF在中國漢族人群中ALS患者及正常對照之間無顯著差異(rs2306677,p=0.7416;rs10260404,p=0.3557;rs2814707,p=0.5212)。在中國漢族人群GWAS研究的初篩階段,獲得了90個具有顯著提示作用的位點,在驗證階段,90個SNP位點中的4個位點提示與疾病關(guān)聯(lián),rs6703183(P=1.98×10?5),rs8141797(P=1.36×10?5),rs

8、2055627(P=1.49×10?3)以及rs32897(P=4.18×10?2)。其中,rs6703183和rs8141797在Bonfferoni校正后仍提示疾病關(guān)聯(lián)性,而另外兩個SNP位點rs2055627和rs32897未通過Bonfferoni校正。合并初篩及驗證階段樣本,以上四個位點都表現(xiàn)出更顯著的疾病關(guān)聯(lián)度。rs6703183和rs8141797達到了全基因組關(guān)聯(lián)分析顯著性(rs6703183,Pcombined=2.9

9、2×10?8,OR=1.31;rs8141797Pcombined=2.35×10?9,OR=1.52)。通過基因填補分析,明確中國漢族人群ALS的風險基因為CAMK1G和SUSD2。西方人群驗證中國漢族人群發(fā)現(xiàn)的SNP位點rs6703183和rs8141797結(jié)果顯示,無論是在單個西方人群還是總的西方人群中,此兩個SNP位點皆未顯示與ALS疾病的關(guān)聯(lián)性。
　　結(jié)論:
　　1.西方人群發(fā)現(xiàn)的與ALS疾病相關(guān)的SNP位點,在中