GO術(shù)語間語義相似性的度量方法.pdf

1、關(guān)于相似性的研究在很多研究領(lǐng)域里都起到了關(guān)鍵作用。相似性的研究主要包括結(jié)構(gòu)的相似性和語義的相似性。以往對結(jié)構(gòu)相似性的關(guān)注和研究比較多，近幾年，語義相似性吸引了越來越多的注意。 由于歷史原因所致，生物學(xué)數(shù)據(jù)來源非常復(fù)雜。為了減少或消除概念及術(shù)語的混亂，Gene Ontology協(xié)會開發(fā)了生物學(xué)數(shù)據(jù)的大型語義詞典--基因本體GO(Gene ontology)。GO應(yīng)用的一個重要方面就是對GO術(shù)語的語義相似性進(jìn)行度量。通常認(rèn)為，如果兩

2、個基因產(chǎn)物的功能相似，那么它們的基因表達(dá)就相近，同時它們在GO中注解的術(shù)語就相似，所以我們只要能找出GO中術(shù)語對的相似度，就可以近似估計兩基因表達(dá)的相似度，從而判斷兩基因產(chǎn)物功能的相似程度。所以說，GO術(shù)語間語義相似性的度量是解決生物學(xué)數(shù)據(jù)集成中語義異構(gòu)問題的重要方法。 本文首先介紹了關(guān)于GO的背景知識和對于語義相似性的研究；接著分析了當(dāng)前GO術(shù)語間語義相似性的幾種常用度量方法；然后主要針對其中最常用的一種提出了改進(jìn)的措施——基