秦川牛及其雜交后代生長(zhǎng)發(fā)育性狀幾個(gè)候選基因的遺傳分析.pdf

1、本研究采用基因克隆、電子克隆、PCR-RFLP三種技術(shù)手段，以秦川牛及其與利木贊牛、德國(guó)黃牛、紅安格斯牛雜交F1代(4月齡)4個(gè)牛群體共計(jì)164個(gè)個(gè)體為研究對(duì)象，分析了MYOG、MRF4、H-FABP、CAST基因的遺傳變異，并以體尺性狀作為衡量牛生長(zhǎng)發(fā)育性狀的指標(biāo)，運(yùn)用最小二乘線性模型，對(duì)所檢測(cè)到的多態(tài)位點(diǎn)與生長(zhǎng)發(fā)育性狀的關(guān)系進(jìn)行了分析，探討了MYOG、MRF4、H-FABP、CAST基因作為影響牛生長(zhǎng)發(fā)育候選基因的可能性，克隆了MY

2、OG基因的全序列，電子克隆了MRF4。所得結(jié)果如下： 1.牛MYOG基因的克隆與分析 根據(jù)GenBank中已公布的人、豬和小鼠的MYOG基因的序列設(shè)計(jì)了PCR引物，利用PCR技術(shù)擴(kuò)增了牛MYOG基因的全序列，并構(gòu)建了重組的克隆載體pGEM-T-MYOG。通過(guò)PCR擴(kuò)增、限制性酶切對(duì)陽(yáng)性克隆進(jìn)行鑒定，并對(duì)其進(jìn)行了測(cè)序及生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明，牛MYOG基因的序列長(zhǎng)度為3175bp，其與豬、人和小鼠相應(yīng)序列的同源性分別為8

3、6％，78％和73％，在不同物種之間具有一定的保守性。 2.牛MRF4基因的電子克隆與分析 將牛的MRF4基因的cDNA序列在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行Blastn分析，得到一個(gè)相似性極高的牛的gDNA序列(GenBank：AC138166)，通過(guò)Blast2sequence、Genscan、HMMgene和GENEID程序分析AC138166，推測(cè)其中包含的牛的MRF4基因由3個(gè)外顯子構(gòu)成。牛MRF4全基因序列與大鼠MRF4基

4、因在1817bp具有77％的相似性，與小鼠MRF4基因在1661bp具有72％的相似性。分別用NeuralNetworkPromoter和McPromoterprediction程序預(yù)測(cè)了牛MRF4的5'側(cè)翼序列中可能的啟動(dòng)子。 3.MYOG基因啟動(dòng)子PCR-RFLP與牛生長(zhǎng)發(fā)育性狀的相關(guān)分析 MYOG基因的PCR-RFLP多態(tài)性檢測(cè)結(jié)果表明：在秦川牛(Q)及其雜種牛安秦(AQ)、德秦(DQ)、利秦(LQ)群體中，MYO

5、G-Hinfl基因座的位點(diǎn)間雜合度(He)分別為0.0431/0.1976/0.0688/0.0814；位點(diǎn)間有效等位基因數(shù)(Ne)分別為1.405/1.2463/1.0739/1.8007；位點(diǎn)間多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.0382/0.1872/0.0664/0.0781。MYOG-SmaI基因座的位點(diǎn)間雜合度(He)分別為0/0.1528/0/0.0416；位點(diǎn)間有效等位基因數(shù)(Ne)分別為1/1.1804/1/1.0473；

6、位點(diǎn)間多態(tài)信息含量(PIC)分別為0/0.1412/0/0.0407。MYOG-XhoI基因座的位點(diǎn)間雜合度(He)分別為0/0/0/0.0814；位點(diǎn)間有效等位基因數(shù)(Ne)分別為1/1/1/1.0866；位點(diǎn)間多態(tài)信息含量(PIC)0/0/0/0.0781。利用最小二乘線性模型對(duì)MYOG-Hinfl基因座的多態(tài)位點(diǎn)不同基因型與生長(zhǎng)發(fā)育性狀指標(biāo)進(jìn)行顯著性檢驗(yàn)，結(jié)果表明：群體內(nèi)AA基因型個(gè)體在體重、胸圍、體長(zhǎng)指標(biāo)上顯著高于群體的AB型個(gè)

7、體，即AA＞AB(P＜0.05)，存在著A等位基因高于B等位基因的趨勢(shì)。利用最小二乘線性模型對(duì)MYOG-SmaⅠ和MYOG-XhoⅠ基因座的多態(tài)位點(diǎn)不同基因型與生長(zhǎng)發(fā)育性狀指標(biāo)進(jìn)行顯著性檢驗(yàn)，結(jié)果表明：群體不同基因型在體重、體尺指標(biāo)-體高、體長(zhǎng)、胸圍、十字部高、腰角寬、尻長(zhǎng)和坐骨端寬指標(biāo)上無(wú)顯著差異(P＞0.05) 4.MRF4基因啟動(dòng)子PCR-RFLP與牛生長(zhǎng)發(fā)育性狀的相關(guān)分析 MRF4基因的PCR-RFLP多態(tài)性檢測(cè)

8、結(jié)果表明：秦川牛及其雜種牛AQ、DQ、LQ群體的MRF4-XbaⅠ的基因座位點(diǎn)間雜合度(He)分別為0.1987/0.2450/0.2227/0.2745；位點(diǎn)間有效等位基因數(shù)(Ne)分別為1.2480/1.3245/1.3637/1.3841；位點(diǎn)間多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.1889/0.2150/0.1979/0.2368。利用最小二乘線性模型對(duì)此多態(tài)位點(diǎn)不同基因型與生長(zhǎng)發(fā)育性狀指標(biāo)進(jìn)行顯著性檢驗(yàn)，結(jié)果表明：群體內(nèi)AA基因型個(gè)

9、體在體重、胸圍、十字部高和尻長(zhǎng)指標(biāo)上顯著高于群體的AB、BB型個(gè)體，即AA＞AB、BB(P＜0.05)，存在著A等位基因高于B等位基因的趨勢(shì)。 5.H-FABP基因PCR-RFLP與牛生長(zhǎng)發(fā)育性狀的相關(guān)分析 H-FABP基因的PCR-RFLP多態(tài)性檢測(cè)結(jié)果表明：秦川牛及其雜種牛AQ、DQ、LQ群體的H-FABP-HaeⅢ基因座位點(diǎn)間雜合度(He)分別為0.3554/0.3750/0.2927/0.2598；位點(diǎn)間有效等位

10、基因數(shù)(Ne)分別為1.5513/1.4318/1.6/1.413位點(diǎn)間多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.2927/0.3047/0.250/0.2520。利用最小二乘線性模型對(duì)此多態(tài)位點(diǎn)不同基因型與生長(zhǎng)發(fā)育性狀指標(biāo)進(jìn)行顯著性檢驗(yàn)，結(jié)果表明：群體內(nèi)BB基因型個(gè)體在體重指標(biāo)上顯著高于群體的AB、AA型個(gè)體，即BB＞AB、AA(P＜0.05)，存在著B等位基因高于A等位基因的趨勢(shì)。 6.CAST基因PCR-RFLP與牛生長(zhǎng)發(fā)育性狀的相

11、關(guān)分析 CAST基因的PCR-RFLP多態(tài)性檢測(cè)結(jié)果表明：秦川牛及其雜種牛AQ、DQ、LQ群體CAST-XmnI基因座的位點(diǎn)間雜合度(He)分別為0.4555/0.4984/0.4964/0.4918；位點(diǎn)間有效等位基因數(shù)(Ne)分別為1.8365/1.9936/1.9861/1.9967；位點(diǎn)間多態(tài)信息含量(PIC)分別為0.3518/0.3742/0.3772/0.3078。利用最小二乘線性模型對(duì)此多態(tài)位點(diǎn)不同基因型與生長(zhǎng)發(fā)