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文檔簡介
1、本研究采用基因組掃描法、候選基因法和生物信息學(xué)方法,對魯西牛群體遺傳結(jié)構(gòu)、遺傳多樣性及其與體重、體尺等生長發(fā)育性狀相關(guān)的基因進(jìn)行了檢測和分析,旨在獲得相應(yīng)的分子遺傳學(xué)信息,找到經(jīng)濟(jì)性狀的分子標(biāo)記,為中國黃牛遺傳資源的保護(hù)利用、分子標(biāo)記輔助育種的開展和肉牛以及奶牛生產(chǎn)性能的提高提供科學(xué)依據(jù)。
采用微衛(wèi)星標(biāo)記、PCR-SSCP、克隆測序法和最小二乘線性模型分析方法,以120頭魯西牛為研究對象,從分布于牛的60條染色體的30對微
2、衛(wèi)星引物中,篩選出多樣性豐富的8對微衛(wèi)星位點,探討了與魯西牛生長發(fā)育性狀相關(guān)聯(lián)的分子遺傳標(biāo)記;分析了與魯西牛生長發(fā)育性狀相關(guān)顯著的分子標(biāo)記的遺傳效應(yīng)。研究了主要組織相容性復(fù)合體(Major Histocompatibility Complex,MHC)Ⅱ類a 亞區(qū)DRB3基因的第二外顯子(BoLA-DRB3*exon2)在魯西牛群體中的遺傳多樣性,檢測了90 頭魯西牛BoLA-DRB3*exon2基因的遺傳變異。結(jié)果發(fā)現(xiàn),7個微衛(wèi)星座位
3、和BoLA-DRB3*exon2的不同基因型之間的差異達(dá)到顯著(P<0.05)或極顯著水平(P<0.01);發(fā)現(xiàn)了一些對生長發(fā)育有利和不利的基因型,主要研究結(jié)果總結(jié)如下:
(1)關(guān)于魯西牛群體的遺傳多態(tài)性:共檢測到34個等位基因,每個微衛(wèi)星座位的等位基因數(shù)為3-6個,平均等位基因數(shù)為4.25,該群體的基因平均雜合度(H)為0.5613,多態(tài)信息含量(PIC)為0.4983。表明:該群體呈中度遺傳多樣性,遺傳多樣性較為豐富,
4、尚有較好的選擇潛力,但有降低的趨勢。
(2)發(fā)現(xiàn)了顯著影響魯西牛體尺性狀的有利基因型:ETH185座位的AE與體高,BM711座位的CC和BM1824座位的BB與體長,TGLA53座位的AD和BM711座位的CC與管圍,BM1824座位的BB和DVGA55座位的AB與腹圍都有顯著的有利作用。也發(fā)現(xiàn)了一些顯著影響體尺性狀的不利基因型:ETH185位點AA與體高,ETH185位點的BC和BM711位點的EE型與管圍,BM182
5、4位點的AB型與體長和腹圍,DVGA55位點的AA型與腹圍都有顯著的負(fù)效應(yīng)。
(3)發(fā)現(xiàn)了顯著影響魯西牛體重性狀的有利基因型:TGLA53座位的AC、ETH185座位的BD、BM711座位的AB、DVGA46座位的AC、DVGA44座位的BB和DVGA55座位的BB都對體重有顯著的有利效應(yīng)。也發(fā)現(xiàn)了體重方面的一些不利基因型:TGLA53位點的BB型,ETH185位點的BC型,DVGA46位點的AD型,DVGA55位點的AA
6、型和AC型,DVGA44位點的AD型,都對體重性狀有明顯的負(fù)效應(yīng)。(4)魯西牛BoLA-DRB3*exon2基因遺傳變異檢測結(jié)果:統(tǒng)計的等位基因數(shù)、有效等位基因數(shù)和等位基因頻率分別是2、1.4060、0.8250和0.1750。觀測雜合度、期望雜合度和平均雜合度分別為0.0500、0.2962和0.2888。發(fā)現(xiàn)了BoLA-DRB3*exon2基因的三種基因型,它們與生長發(fā)育性狀的關(guān)聯(lián)性分析結(jié)果表明:除了體高和管圍2個性狀外,在其它的4
7、個性狀上均發(fā)現(xiàn)了顯著影響魯西黃牛生長發(fā)育性狀的位點和等位基因。在體長性狀上,AA型個體極顯著的高于AB型(P<0.01),在胸圍、腹圍和體重3個性狀上,AA型個體極顯著的高于AB型和BB型(P<0.01),說明AA型對牛的生長發(fā)育有利。對魯西牛生長速度有顯著影響的有利基因型為AA型,其次為BB型。
魯西牛BoLA-DRB3*exon 2目的基因的原序列長168bp,在這168bp長度中通過測序發(fā)現(xiàn)共有14個突變位點,占序列
8、總長度的8.33%,其中,共同突變位點為11個。
BoLA-DRB3*exon 2基因的3種基因型分別是AA、AB和BB,AA型是在第55堿基處的胸腺嘧啶(T)突變?yōu)橄汆堰剩ˋ),為堿基顛換;AB型是在第56位堿基處的胞嘧啶(C)突變?yōu)轼B嘌呤(G),也是顛換;BB型是在第153堿基處的鳥嘌呤(G)突變?yōu)橄汆堰剩ˋ),為堿基轉(zhuǎn)換。
研究結(jié)果為魯西牛的標(biāo)記輔助選擇和早期基因型選種提供了可借鑒的分子標(biāo)記,也為魯西牛
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