牙鲆微衛(wèi)星分子標記的篩選及多態(tài)性檢測.pdf

1、本文以牙鲆(ParalichthysolivaceusTemmincketSchlegel)為材料，基因組DNA經(jīng)Sau3AⅠ進行部分酶切后，選取400～1200bp大小的片段連接到經(jīng)BamHⅠ酶切的pUC19質粒中，連接產(chǎn)物轉化大腸桿菌DH5α構建了牙鲆選擇片段基因組文庫。運用菌落雜交的方法，在牙鲆(ParalichthysOlivaceus)的小片段基因組文庫中篩選含有微衛(wèi)星序列的重組陽性克隆。使用(AC)10和(AG)10為探針經(jīng)

2、過兩次雜交后，共獲得了20個牙鲆的微衛(wèi)星序列，分別位于16個陽性克隆中，其中完全型13個，不完全型5個，復合型2個。 利用生物信息學的方法，使用實驗室自制軟件RepeatReporter1.5對牙鲆ESTs數(shù)據(jù)庫中的2992條EST序列進行了微衛(wèi)星序列的篩選，結果得到265條含有微衛(wèi)星序列的牙鲆EST序列(標準是：7次以上重復的雙堿基重復序列，5次以上重復的三堿基重復序列，4次以上重復的四堿基重復序列，3次以上重復的五堿基及六堿

3、基重復)，占整個ESTs數(shù)據(jù)庫的8.9％。其中雙堿基重復序列為¨4個，三堿基重復序列88個，分別占微衛(wèi)星序列總數(shù)的43％和33.2％。在發(fā)現(xiàn)的微衛(wèi)星重復序列中重復次數(shù)介于3到31之間，在114個雙堿基重復中數(shù)量最多的為AC/TG型重復，占雙堿基重復總數(shù)的71.7％。在三堿基重復序列中，除CTT重復較多，占全部三堿基重復序列的14.8％外，其余各種類型微衛(wèi)星序列含量較為平均。 在含有微衛(wèi)星的序列中選取了28條設計引物，19對能夠擴