轉(zhuǎn)錄組測(cè)序解析氨氣刺激后仔豬呼吸道和肝臟轉(zhuǎn)錄譜的變化.pdf

1、氨氣是規(guī)?；i場(chǎng)中普遍存在的有毒有害氣體之一，較高濃度的氨氣會(huì)給仔豬和工作人員帶來(lái)健康隱患，而目前關(guān)于氨氣影響仔豬健康的研究尚不足。本研究選取7周齡14 kg的保育仔豬共12頭，隨機(jī)分為4組，用56 mg/m3左右的氨氣對(duì)3個(gè)試驗(yàn)組分別刺激4天、8天和12天，對(duì)照組則不作處理。刺激結(jié)束后采集仔豬肺，鼻黏膜和肝臟組織，提取總RNA，然后對(duì)這4個(gè)時(shí)期的樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-seq)，并探討氨氣刺激對(duì)3個(gè)組織轉(zhuǎn)錄譜的影響。
　　主

2、要結(jié)果:
　　1.分別鑒定了3個(gè)組織氨氣刺激前后的差異表達(dá)基因（默認(rèn)和較小天數(shù)組比），肺和鼻黏膜一共6個(gè)比較(NC與3個(gè)處理組間的比較，3個(gè)處理組間的兩兩比較)，肝臟只有1個(gè)比較（D12比NC）。統(tǒng)計(jì)顯示:肺的差異表達(dá)基因一共有289個(gè)，鼻黏膜則有825個(gè)，肝臟有589個(gè)（367個(gè)上調(diào)表達(dá)，222個(gè)下調(diào)表達(dá)）。
　　2.構(gòu)建了肺和鼻黏膜差異表達(dá)基因的表達(dá)模式，并對(duì)每個(gè)模式的基因進(jìn)行了功能富集分析。肺的差異表達(dá)基因一共被分為1

3、8類(lèi)，其中SCGB3A2，MMPs，PIFA1，IL8，ARG2，COMP，PAL-1，COLs，CLCA1，ELANE等與肺纖維化發(fā)生和氣道黏液分泌相關(guān)的基因大部分處于cluster1，cluster2和cluster3中。鼻黏膜的差異表達(dá)基因被分為了20類(lèi)，其中cluster1，cluster2，cluster3和cluster6中CCDCs，CFAPs，TEKTs，DNAHs，LRRCs，SPAG17，COL11A2，ACAN，S

4、NTN與黏膜功能、結(jié)構(gòu)有關(guān);cluster4中SFTPs，BPIFBs與呼吸功能及防御反應(yīng)相關(guān);cluster7中MASP1，LBP，C4BPA，IL1B，REG3G，S100As與急性炎癥和黏液分泌有關(guān);cluster8和cluster9的PAI-1，MMPs，KRTs還與上皮修復(fù)有關(guān)。
　　3.肝臟差異表達(dá)基因顯著富集的通路(p≤0.05)與免疫，癌癥，肝病，氨基酸代謝及生理節(jié)奏有關(guān)。蛋白互作分析表明PIK3CA，TNF，NF

5、KBIA，THBS1，JUN，HIF1A和FOS可能是重要的調(diào)控因子。
　　4.鑒定了NC組和D12組間的差異可變剪切及差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本。結(jié)果顯示CD40、SAT1、ETFB、CLK1、CHTOP和TNFRSF1A在鼻黏膜或者肺NC組和D12處理組間具有顯著差異(FDR≤0.05)的可變剪接事件。同時(shí)，分別在肺、鼻黏膜和肝臟上發(fā)現(xiàn)了數(shù)量不等的差異表達(dá)(FDR≤0.05)的轉(zhuǎn)錄本。功能分析表明以上基因大部分與免疫，細(xì)胞凋亡和癌癥有關(guān)。

6、
　　5.用22個(gè)樣品的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)鑒定了903條新lincRNA，并用權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)整合分析（Weighted gene co-expression network analysis，WGCNA）差異表達(dá)的linc基因和編碼基因（共3072個(gè)）。結(jié)果顯示LIPG在肝臟D12特異性高表達(dá)，TF在肝臟NC組特異性高表達(dá);而新lincRNA XLOC_004910則在鼻黏膜D12特異性高表達(dá)，其臨近的9個(gè)編碼基因（上下游100k