基于轉錄組的人肝臟分泌蛋白質組研究.pdf

1、中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院博士研究生畢業(yè)論文基于轉錄組的人肝臟分泌蛋白質組研究TheHumanLiverSecretome：aTranscriptome—BasedSurvey博士生導師專業(yè)申請學位萬平賀福初院士，朱云平副研究員生物信息學理學博士培養(yǎng)單位軍事醫(yī)學科學院放射與輻射醫(yī)學研究所研究時間20029—20064本研究得到973課題(課題編號：2∞1CB510209)和863課題(課題編號：2002BA711A11)資助。中國人民

2、解放軍軍事醫(yī)學科學院放射和輻射醫(yī)學研究所2006年4月軍事醫(yī)學科學院博士學位論文基于轉錄組的人肝臟分泌蛋白質組研究摘要分泌蛋白在多細胞生物體中決定、控制和協(xié)調著許多生物學過程。采用實驗方法對分泌蛋白質組研究存在一些技術上的困難，來自基因組和轉錄組的數據的增長使得采用生物信息學方法對分泌蛋白質組進行研究成為可能。肝臟在人體中是僅次于腦的第二大器官，有著重要的生理功能。對人肝臟分泌蛋白質組的研究有助于揭示肝臟自身、肝臟與人體其它組織、器官之

3、間關系(如肝臟與血液之間關系)，以及肝臟蛋白質的分泌途徑由于分泌蛋白具有重要的生物學功能，因此肝臟分泌蛋白有可能成為肝病診斷與治療重要的標志物和藥物靶標。本研究基于轉錄組數據，采用生物信息學方法對人肝臟分泌蛋白質組進行了研究。首先建立了一套分泌蛋白質組預測系統(tǒng)，并對該系統(tǒng)的準確性進行了評估。結果表明，本研究建立的分泌蛋白質組預測系統(tǒng)的準確率和回復率分別為788％和807％。換言之，此方法體系的假陽性和假陰性比例分別為212％和193％。

4、對造成假陽性和假陰性的原因作了進一步分析，結果表明溶酶體蛋白、膜蛋白和內質網蛋白是造成假陽性的主要原因；假陰性結果主要來自兩個方面：多位點定位蛋白和分泌蛋白。之后，根據人肝臟轉錄組數據，利用建立起來的分泌蛋白質組預測系統(tǒng)確定了人肝臟分泌蛋白質組由1597個分泌蛋白組成，涉及1037個基因。進一步，從7個方面對人肝臟分泌蛋白質組的特征進行了分析。(1)InterPro結構域分析有1414個蛋白質(占人肝臟分泌蛋白質組蛋白質總數的8854％

5、)含有／nterPro結構域，共匹配了745個InterPro結構域。出現頻數最多的前20個InterPro結構域中包括了表皮生長因子(epidermalgrowthfactorEGF)結構域超家族中的4個成員：EGFJike、IEGF、EGF_Calxl和EGF__2；免疫球蛋白超家族中的5個成員：lg’like、Ig、Ig_v、Ige2和Ig_cl；纖維連接蛋白超家族中的2個成員：FN_III1ike和FrCIII；Peptidas