中國林蛙皮膚轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組學(xué)研究.pdf

1、中國林蛙皮膚及其分泌物在中國林蛙抵御外源微生物和病原菌侵襲的過程中起著至關(guān)重要的作用。目前對中國林蛙皮膚及其分泌物的研究主要是集中在某個(gè)或某幾個(gè)蛋白或活性多肽上,在整體水平上對中國林蛙皮膚及其分泌物中防御蛋白及多肽的轉(zhuǎn)錄及表達(dá)水平的研究很少。本實(shí)驗(yàn)運(yùn)用EST技術(shù)和蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù),分別從RNA轉(zhuǎn)錄水平和蛋白質(zhì)表達(dá)水平兩個(gè)方面共同對中國林蛙皮膚及其分泌物的免疫防御性蛋白及多肽基因表達(dá)進(jìn)行了研究,期待從整體水平上對兩棲類皮膚及其分泌物的功能和

2、它們在免疫防御過程中發(fā)揮的作用做一個(gè)概述,并為日后中國林蛙皮膚功能基因的篩選奠定基礎(chǔ)。
　　 首先,我們構(gòu)建了中國林蛙皮膚cDNA文庫,測定EST序列6696條。經(jīng)過一系列的序列前處理工作后,獲得5976條高質(zhì)量的EST數(shù)據(jù)。這些高質(zhì)量的序列經(jīng)過CAP3聚類拼接后,獲得1891個(gè)片斷重疊群,其中contigs512個(gè),singletons1379個(gè)。其次對聚類拼接后的1891條clusters與Genbank中下載的核酸和蛋白數(shù)

3、據(jù)庫進(jìn)行了序列同源性比對,有46.6％的數(shù)據(jù)得到了注釋,仍有53.4％的基因未能找到同源序列,很有可能為新基因?；蜃⑨尩慕Y(jié)果顯示在中國林蛙皮膚中許多與分泌和免疫防御相關(guān)的基因是高表達(dá)的,主要包括泛素、凝集素、蛋白酶抑制劑、乳清酸蛋白等?；贕ene Ontology我們將已知的826(43.7％)個(gè)clusters按照分子功能,生物學(xué)過程和細(xì)胞組分三大類進(jìn)行了分類整理。更進(jìn)一步地,我們利用InterProScan將1891個(gè)clust

4、ers與蛋白功能域數(shù)據(jù)庫進(jìn)行了比對,有638(33.7％)的clusters得到注釋。另外,還對中國林蛙皮膚表達(dá)基因進(jìn)行了KEGG代謝途徑分析,從而在分子水平上對中國林蛙皮膚生理功能和代謝途徑有了進(jìn)一步的了解。
　　 經(jīng)過對中國林蛙皮膚EST庫的分析,我們發(fā)現(xiàn)了518條與免疫防御密切相關(guān)的ESTs。這些免疫防御相關(guān)基因主要包括乳清酸蛋白家族(WAP)、非消化性的酶和酶抑制劑、抗菌肽分子、凝集素等。這些免疫防御相關(guān)基因的發(fā)現(xiàn)與分析