中國(guó)林蛙皮膚轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組學(xué)研究.pdf

1、中國(guó)林蛙皮膚及其分泌物在中國(guó)林蛙抵御外源微生物和病原菌侵襲的過(guò)程中起著至關(guān)重要的作用。目前對(duì)中國(guó)林蛙皮膚及其分泌物的研究主要是集中在某個(gè)或某幾個(gè)蛋白或活性多肽上,在整體水平上對(duì)中國(guó)林蛙皮膚及其分泌物中防御蛋白及多肽的轉(zhuǎn)錄及表達(dá)水平的研究很少。本實(shí)驗(yàn)運(yùn)用EST技術(shù)和蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù),分別從RNA轉(zhuǎn)錄水平和蛋白質(zhì)表達(dá)水平兩個(gè)方面共同對(duì)中國(guó)林蛙皮膚及其分泌物的免疫防御性蛋白及多肽基因表達(dá)進(jìn)行了研究,期待從整體水平上對(duì)兩棲類皮膚及其分泌物的功能和

2、它們?cè)诿庖叻烙^(guò)程中發(fā)揮的作用做一個(gè)概述,并為日后中國(guó)林蛙皮膚功能基因的篩選奠定基礎(chǔ)。
　　 首先,我們構(gòu)建了中國(guó)林蛙皮膚cDNA文庫(kù),測(cè)定EST序列6696條。經(jīng)過(guò)一系列的序列前處理工作后,獲得5976條高質(zhì)量的EST數(shù)據(jù)。這些高質(zhì)量的序列經(jīng)過(guò)CAP3聚類拼接后,獲得1891個(gè)片斷重疊群,其中contigs512個(gè),singletons1379個(gè)。其次對(duì)聚類拼接后的1891條clusters與Genbank中下載的核酸和蛋白數(shù)

3、據(jù)庫(kù)進(jìn)行了序列同源性比對(duì),有46.6％的數(shù)據(jù)得到了注釋,仍有53.4％的基因未能找到同源序列,很有可能為新基因?；蜃⑨尩慕Y(jié)果顯示在中國(guó)林蛙皮膚中許多與分泌和免疫防御相關(guān)的基因是高表達(dá)的,主要包括泛素、凝集素、蛋白酶抑制劑、乳清酸蛋白等。基于Gene Ontology我們將已知的826(43.7％)個(gè)clusters按照分子功能,生物學(xué)過(guò)程和細(xì)胞組分三大類進(jìn)行了分類整理。更進(jìn)一步地,我們利用InterProScan將1891個(gè)clust

4、ers與蛋白功能域數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了比對(duì),有638(33.7％)的clusters得到注釋。另外,還對(duì)中國(guó)林蛙皮膚表達(dá)基因進(jìn)行了KEGG代謝途徑分析,從而在分子水平上對(duì)中國(guó)林蛙皮膚生理功能和代謝途徑有了進(jìn)一步的了解。
　　 經(jīng)過(guò)對(duì)中國(guó)林蛙皮膚EST庫(kù)的分析,我們發(fā)現(xiàn)了518條與免疫防御密切相關(guān)的ESTs。這些免疫防御相關(guān)基因主要包括乳清酸蛋白家族(WAP)、非消化性的酶和酶抑制劑、抗菌肽分子、凝集素等。這些免疫防御相關(guān)基因的發(fā)現(xiàn)與分析