建立基于富集指數(shù)的蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析方法研究分泌蛋白質(zhì)組—小鼠樹突狀肉瘤細(xì)胞分泌蛋白質(zhì)組;正常人尿蛋白質(zhì)組動(dòng)態(tài)變化過程中穩(wěn)定表達(dá)蛋白質(zhì)組作為潛在的生物標(biāo)志物資源.pdf

1、細(xì)胞產(chǎn)生的分泌蛋白是一類功能上非常重要的蛋白。真正的分泌蛋白樣品是很難得到，它經(jīng)常被細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)或環(huán)境中的蛋白質(zhì)所污染。 我們建立了一種依靠蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析判斷分泌蛋白質(zhì)樣品是否合格及分辨真正的分泌蛋白質(zhì)的方法。陽性鑒定的譜圖數(shù)用于蛋白質(zhì)半定量。分別對(duì)分泌蛋白質(zhì)樣品和胞內(nèi)可溶性蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行質(zhì)譜分析，選擇高豐度的分泌蛋白質(zhì)作為標(biāo)志蛋白，求它們在兩個(gè)樣品中譜圖數(shù)的百分比，計(jì)算樣品富集指數(shù)(theenrichmentindexof

2、sample，EIS)，以此評(píng)價(jià)分泌蛋白質(zhì)樣品的質(zhì)量。用合格譜圖數(shù)的百分比計(jì)算每個(gè)蛋白質(zhì)在兩個(gè)樣品中的權(quán)重，定義分泌蛋白富集指數(shù)(theenrichmentindexforprotein，EIP)為：在兩種樣品中相應(yīng)蛋白的權(quán)重比值。用EIP值鑒定分泌蛋白質(zhì)，同時(shí)參考信號(hào)肽預(yù)測和swiss-prot解釋。 新方法能夠鑒定“非經(jīng)典分泌途徑”產(chǎn)生的分泌蛋白，也可以排除來源于死細(xì)胞的帶有信號(hào)肽的污染蛋白。譜圖數(shù)計(jì)量方法的優(yōu)點(diǎn)在于對(duì)設(shè)備測

3、試要求不高、沒有同位素污染和使用方便。 對(duì)于無血清條件培養(yǎng)基中體外培養(yǎng)的小鼠樹突狀肉瘤細(xì)胞(dendriticcellsarcoma，DCS)，采用SCX-RP-MS/MS策略分析了培養(yǎng)基中的DCS產(chǎn)生的分泌蛋白質(zhì)組。兩個(gè)分泌蛋白質(zhì)樣品的EIS分別為75.4和84.65。共得到141個(gè)陽性鑒定的蛋白，73個(gè)認(rèn)為是分泌蛋白質(zhì)。33個(gè)蛋白質(zhì)是信號(hào)肽預(yù)測和swiss-prot解釋均為陽性的，10個(gè)蛋白質(zhì)是信號(hào)肽預(yù)測陽性或swiss-p

4、rot解釋陽性的，30個(gè)蛋白質(zhì)是信號(hào)肽預(yù)測和swiss-prot解釋均為陰性的，還有待于進(jìn)一步驗(yàn)證。 對(duì)于新發(fā)現(xiàn)的30個(gè)潛在的、swiss-prot解釋和信號(hào)肽預(yù)測都是陰性的蛋白質(zhì)，我們用“非經(jīng)典途徑”分泌蛋白質(zhì)的預(yù)測服務(wù)器(SecretomePserver和ProPserver)進(jìn)行了分析，其中分別有12個(gè)蛋白質(zhì)(占40％)和15個(gè)蛋白質(zhì)(占50％)的蛋白質(zhì)是陽性鑒定，其中有5個(gè)蛋白質(zhì)是兩種方法都被鑒定的。我們還和其他細(xì)胞產(chǎn)生