小白菜自交不親和性相關(guān)基因的分子標(biāo)記開(kāi)發(fā).pdf

1、小白菜作為異花植物，自交不親和性現(xiàn)象在小白菜中十分普遍，具有明顯地雜交優(yōu)勢(shì)的特點(diǎn)。在自交不親和性育種過(guò)程中，利用分子標(biāo)記輔助準(zhǔn)確鑒定植株的S單元類(lèi)型，可以避免盲目配制組合造成的不結(jié)實(shí)現(xiàn)象。本研究是以小白菜自交不親和系“WS-85”和自交親和系“WS-199”為親本及構(gòu)建的F2分離群體，通過(guò) SNP（Single Nucleotide Polymorphism）芯片和BSA（Bulked Segregant Analysis）法相結(jié)合的方

2、法，開(kāi)發(fā)與自交不親和性基因相關(guān)的分子標(biāo)記，為小白菜自交不親和性雜交制種利用提供重要技術(shù)支持。主要的研究結(jié)果如下：
　　1.通過(guò)調(diào)查自交不親和性 F2群體植株的花期角果伸長(zhǎng)、膨大情況以及結(jié)實(shí)情況，對(duì)植株的自交不親和性進(jìn)行鑒定，發(fā)現(xiàn)不親和性植株與親和性植株的比例為15.37：1，經(jīng)卡方驗(yàn)證符合15：1（X2=0.0243，P值0.8-0.9），則自交不親和性在該親本材料中為顯性。
　　2.從F2群體中選取自交不親和性極端單株和自

3、交親和性極端單株，分別組成3個(gè)自交不親和性混合池和3個(gè)自交親和性混合池，與油菜60K SNP芯片雜交并通過(guò)對(duì)芯片數(shù)據(jù)基因型進(jìn)行分析篩選，顯示3個(gè)自交不親和性混合池與3個(gè)自交親和性混合池之間存在100個(gè)SNP差異位點(diǎn)。
　　3.將這100個(gè)SNP位點(diǎn)從該芯片的探針數(shù)據(jù)庫(kù)中下載對(duì)應(yīng)的SNP位點(diǎn)核苷酸序列。又將這些序列數(shù)據(jù)與已有的白菜基因組數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行Blast分析，發(fā)現(xiàn)這些SNP位點(diǎn)在白菜基因組上共對(duì)比到6013處，主要分布如下：在A0

4、1分布有662處，占總數(shù)的11.01％；A02上648處，占10.78%；A03上716處，占11.91%；A04上391處，占6.50%；A05上533處，占8.86%；A06上537處，占8.93%；A07上498處，占8.28%；A08上430處，占7.15%；A09上769處，占12.79%；A10上418處，占6.95%；其他（Bn-scaff和Bn-scaffolod）有411處，占6.84%。
　　又對(duì)6013處的B

5、last評(píng)價(jià)結(jié)果按照同源相似度 Identity≥96%和 Evalue在2.00E-15以上的SNP位點(diǎn)進(jìn)行篩選和分析，發(fā)現(xiàn)符合要求的有93個(gè)SNP位點(diǎn)，它們分別位于A01占0.93%，A02占0.08%，A03占0.07%，A04占0.03%，A06占0.13%，A09占0.02%，A10占0.27%，其他占0.02%。其中A01和A10上占有的SNP位點(diǎn)比例最高，在A01上的SNP位點(diǎn)主要集中于2517659-24006839區(qū)段

6、，而A10上則集中于3個(gè)區(qū)段，分別為3649375-3747582、5525560-5727779和8961371-16442481。
　　4.從白菜基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中分別下載 A01和 A10上對(duì)應(yīng)的集中區(qū)段的基因組序列，并提交http://wsmartins.net/websat/網(wǎng)站上，設(shè)計(jì)了32對(duì)具有代表性的SSR引物。將這些引物在混合池中進(jìn)行篩選，有4對(duì)引物 BrA1-2、BrA1-3、BrA1-14和BrA103-3表現(xiàn)出