洋蔥鱗莖類黃酮類化合物含量及其轉(zhuǎn)錄組分析.pdf

1、本研究以三種不同顏色的洋蔥品種‘W1201’（紅皮）、‘W470’（黃皮）、‘628’（白皮）的鱗莖為材料，比較了三者之間黃酮、花青素含量及其抗氧化活性之間的差異，并對黃酮、花青素含量與抗氧化活性之間的相關(guān)性進(jìn)行了分析。此外，以洋蔥品種‘W470’新鮮幼嫩的根、鱗莖、葉片為試驗(yàn)材料，比較了4種不同RNA提取方法提取洋蔥不同組織總RNA的效果，旨在探討洋蔥不同組織的總RNA提取的最優(yōu)方法。采用IlluminaHiSeqTM2000平臺(tái)對上

2、述三種顏色洋蔥鱗莖組織進(jìn)行測序并將測序結(jié)果進(jìn)行生物信息學(xué)分析，對其差異表達(dá)基因進(jìn)行挖掘、探討了類黃酮生物合成途徑差異表達(dá)基因的表達(dá)情況。進(jìn)而，基于轉(zhuǎn)錄組測序所得數(shù)據(jù)開發(fā)SSR、SNP標(biāo)記，以期在后續(xù)的研究中利用SSR、SNP標(biāo)記開展洋蔥種質(zhì)資源遺傳多樣性評價(jià)以及分子標(biāo)記輔助育種的研究。取得的各項(xiàng)研究結(jié)果如下:
　　1.‘W1201’、‘W470’、‘628’的花青素含量分別為29.99±1.19，9.64±1.30和0.75±0.

3、40 mg·100g-1;黃酮含量分別為111.10±5.98，36.64±3.59和0 mg·100g-1。紫皮和黃皮洋蔥中測定出飛燕草色素-3，5-雙葡萄糖苷，矢車菊素-3，5-雙葡萄糖苷、矢車菊素-3-葡萄糖苷和矢車菊素-3-(6’丙二?；?-吡喃葡萄糖苷等4種類型的花青素以及槲皮素和槲皮素-3-葡萄糖苷等2種類型的黃酮。通過測量DPPH、ABTS+和FRAP活性表明花青素、黃酮和多酚與抗氧化活性間均顯著正相關(guān)。
　　2.凝

4、膠電泳分析顯示除了Tiangene試劑盒不能提取洋蔥根的總RNA，其他方法在洋蔥不同組織長均可提取到不同質(zhì)量的RNA。對不同方法提取洋蔥RNA質(zhì)量濃度和純度的進(jìn)行檢測結(jié)果表明，TaKaRa試劑盒提取洋蔥葉片總RNA的濃度為342.31μg·g-1;pBiozol法提取洋蔥鱗莖和根的總RNA的質(zhì)量濃度分別為1119.39μg·g-1和171.85μg·g-1。經(jīng)RT-PCR驗(yàn)證，TaKaRa試劑盒提取的洋蔥葉片總RNA以及pBiozol法

5、提取洋蔥鱗莖和根的總RNA均成功擴(kuò)出洋蔥β-actin基因片段。TaKaRa試劑盒適宜提取洋蔥葉片的總RNA，pBiozol法適宜提取洋蔥鱗莖和根的總RNA。
　　3.通過對‘W1201’（紅皮）、‘W470’（黃皮）、‘628’（白皮）洋蔥鱗莖組織轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序，將過濾后得到的43325054640核苷酸堿基(nt)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組從頭組裝。組裝后共得到111558個(gè)Unigene，將這些Unigene序列分別到數(shù)據(jù)庫 NR、KEGG

6、、COG和GO中進(jìn)行注釋，共注釋上54138個(gè)Unigene。對以上三者間差異表達(dá)基因進(jìn)行分析表明差異基因在三個(gè)對比之間的表達(dá)趨勢有所不同。注釋到類黃酮生物合成途徑中差異表達(dá)基因數(shù)量的分別為12(Red-VS-White)、18(White-VS-Yellow)、10(Yellow-VS-Red)條。此外，基于轉(zhuǎn)錄組測序所得數(shù)據(jù)，開發(fā)SSR、SNP標(biāo)記，共計(jì)獲得了5767個(gè)SSR位點(diǎn)，轉(zhuǎn)換總數(shù)329659以及顛換總數(shù)145540的SNP