陸地棉110個(gè)BAC測(cè)序結(jié)果的初步分析.pdf

1、本研究挑取了陸地棉TM-1第12、26染色體上的110個(gè)BAC克隆對(duì)其進(jìn)行測(cè)序和分析,這些BAC克隆插入片段的平均大小是100KB。測(cè)序和拼接后首先對(duì)其結(jié)構(gòu)、基因功能進(jìn)行了分析、注釋,后通過(guò)比較基因組學(xué)的方法推測(cè)棉花與楊樹、擬南芥、葡萄、水稻、玉米進(jìn)化距離的遠(yuǎn)近關(guān)系。
　　 結(jié)構(gòu)分析包括基因分布的分析、基因大小及其外顯子和內(nèi)含子的分析、基因島的分析、GC含量和重復(fù)序列的分析等。分析后發(fā)現(xiàn)一個(gè)富含14個(gè)基因的基因島,該基因島中的基

2、因產(chǎn)物包含二磷酸核苷磷酸酶1、黃氧素乳酸脫氫酶、poly A結(jié)合蛋白、金屬離子結(jié)合蛋白、傷誘導(dǎo)蛋白、生物素羧基載體蛋白羧化酶等。GC含量的分析顯示BAC序列的平均GC含量只有34.2％,比水稻、擬南芥等基因組的平均GC含量低得多,且GC含量與基因的分布、基因的密度、基因序列占BAC總長(zhǎng)度的比例呈負(fù)相關(guān)性,但基因中的GC含量仍明顯高于其他區(qū)域的GC含量。
　　 通過(guò)將測(cè)序序列預(yù)測(cè)到的基因與nr庫(kù)、swissport庫(kù)比對(duì),除發(fā)現(xiàn)棉

3、酚相關(guān)基因外,還發(fā)現(xiàn)一系列棉花開花和顏色相關(guān)基因、抗性相關(guān)基因,且發(fā)現(xiàn)的基因涉及其代謝的不同環(huán)節(jié)；此外,用基因序列與棉纖維EST比對(duì),發(fā)現(xiàn)396個(gè)possible gene與棉纖維EST區(qū)配上,其中包括多個(gè)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑、細(xì)胞壁松弛蛋白、細(xì)胞骨架蛋白、長(zhǎng)鏈脂肪酸蛋白、木質(zhì)素相關(guān)基因等。該結(jié)果為棉花重要性狀相關(guān)基因的克隆及研究提供了參考。
　　 共線性分析表明,棉花BAC與楊樹、葡萄、擬南芥的共線性染色體片段比與水稻、玉米的共線性染