通過表達(dá)數(shù)量性狀座位分析確定我國潰瘍性結(jié)腸炎易感基因及其功能.pdf

1、潰瘍性結(jié)腸炎（ulcerative colitis，UC）是一種反復(fù)發(fā)作的、腸道慢性炎癥性疾病。其確切的發(fā)病機(jī)制目前還不清楚，考慮可能是由于環(huán)境、遺傳、感染和免疫等多種因素共同作用導(dǎo)致。流行病學(xué)研究發(fā)現(xiàn)，西方白種人的發(fā)病率較高，而亞洲人的發(fā)病率較低；在猶太人群中，其發(fā)病率較非猶太人高2-4倍。UC病人一級(jí)親屬的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)增加：5.7-15.5％的潰結(jié)病人他們的一級(jí)親屬也同為此病人；雙生子研究顯示同卵雙生子UC的患病一致率高于異卵雙生子，達(dá)

2、到了6-13%。這些均提示遺傳因素在UC的發(fā)病中起重要作用。近年來，通過全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association study，GWAS）發(fā)現(xiàn)IBD易感座位分布于13條染色體上。由于遺傳異質(zhì)性的存在，在東西方人群中存在很大差異。西方人群的易感位點(diǎn)多數(shù)與日本、韓國、中國等亞洲人群疾病易感性無關(guān)。文獻(xiàn)報(bào)道，CARD15（也稱為 NOD2），IL23R和ATG16L1三個(gè)基因與歐洲和北美洲人克羅恩病的發(fā)病有關(guān)，而在日本人

3、群中并無關(guān)系。日本進(jìn)行一項(xiàng)GWAS研究確定了多個(gè)與日本人群UC有關(guān)的的易感位點(diǎn)，而這些位點(diǎn)在西方人群中未見報(bào)道。因此，尋找我國人群 UC的易感位點(diǎn)成為了目前需要解決的問題。目前UC的GWAS研究已有9項(xiàng),這些GWAS研究和最近的一項(xiàng)薈萃分析確定了47個(gè)UC易感位點(diǎn)，但是這些易感位點(diǎn)要么位于基因中的內(nèi)含子區(qū)，要么位于基因間區(qū)或者為同義變異，其功能也是通過對(duì)基因注釋推測(cè)得出的，在UC發(fā)病中的作用尚未確定。表達(dá)數(shù)量性狀座位（expressio

4、n quantitative trait loci,eQTL）即調(diào)節(jié)基因表達(dá)的染色體座位。eQTL分析是將基因表達(dá)水平當(dāng)做一種數(shù)量性狀，進(jìn)而對(duì)影響基因表達(dá)的染色體座位進(jìn)行分析和確定，從而確定影響基因表達(dá)水平的位點(diǎn)。eQTL分析可以確定與易感位點(diǎn)相關(guān)的基因表達(dá)差異，從而確定易感基因，為進(jìn)一步的功能研究奠定基礎(chǔ)。本研究以此為出發(fā)點(diǎn)，尋找我國UC人群的易感基因。
　　目的：1.建立我國UC人群差異基因表達(dá)譜，為后續(xù)的功能學(xué)研究奠定基礎(chǔ)。

5、
　　2.通過eQTL分析方法，驗(yàn)證后續(xù)試驗(yàn)的可行性。
　　方法：
　　1.收集24例UC患者病變部位結(jié)腸粘膜組織及24例健康對(duì)照者的正常結(jié)腸粘膜組織，應(yīng)用Agilent公司人類全基因組表達(dá)譜芯片檢測(cè)兩樣品間的mRNA，通過進(jìn)一步的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析找出兩者間的差異表達(dá)基因，并對(duì)差異基因進(jìn)行基因本體功能富集分析和通路分析，尋找與UC相關(guān)的基因。
　　2.通過下載Hapmap數(shù)據(jù)庫提供的北京漢族人表達(dá)譜數(shù)據(jù)和SNP數(shù)據(jù)，利

6、用R軟件提供的eQTL數(shù)據(jù)包，對(duì)這兩組數(shù)據(jù)進(jìn)行eQTL作圖分析，驗(yàn)證此方法的可行性。
　　結(jié)果：
　　1.通過人類全基因組表達(dá)譜芯片我們共篩查出差異表達(dá)基因4132條，其中表達(dá)上調(diào)的基因2004條，表達(dá)下調(diào)的基因2128條。
　　2.通過R軟件提供的eQTL數(shù)據(jù)包，結(jié)合Hapmap數(shù)據(jù)庫提供的漢族人SNP數(shù)據(jù)及表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行分析驗(yàn)證。
　　結(jié)論：表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)分析方法用于易感基因的的篩選是可行的。為我們下一步的