胃癌前病灶癌變信息篩查及判癌公式初步建立.pdf

1、浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院博士學(xué)位論文胃癌前病灶癌變信息篩查及判癌公式初步建立姓名：趙淵申請(qǐng)學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：內(nèi)科學(xué)（消化系?。┲笇?dǎo)教師：姒健敏周天華20090401浙江大學(xué)博士學(xué)位論文中文摘要分子信息，在病理形態(tài)學(xué)改變前甄別出早期胃癌，是胃癌一級(jí)預(yù)防研究的根本所在，也將可能為胃癌早期診斷早期治療的實(shí)現(xiàn)奠定有效的基礎(chǔ)。本研究收集胃癌、癌前病灶以及近似正常的淺表性胃炎胃粘膜的組織樣本，以及樣本對(duì)應(yīng)患者的臨床資料信息，采用HuamnGenomeU13

2、3plus2寡核苷酸芯片分析技術(shù)，檢測(cè)了33個(gè)胃癌、癌前病灶及淺表性胃炎組織，獲取胃癌與癌前病灶組織的基因表達(dá)譜的差異，并通過(guò)多種生物信息學(xué)方法如SAM(微陣列置信度分析Significanceanalysisofmicroarray)、R語(yǔ)言平臺(tái)、SVM(支持向量機(jī)Supportvectormachine)留一法等篩選驗(yàn)證可區(qū)分胃癌及癌前病灶的差異表達(dá)基因亞集，通過(guò)GENMAPP相關(guān)生物學(xué)網(wǎng)站及軟件，篩選可能相關(guān)的生物學(xué)通路，同時(shí)采用

3、熒光實(shí)時(shí)定量PCR、原位雜交等技術(shù)對(duì)通路中部分膠原基因進(jìn)一步驗(yàn)證。此外，我們還將以上基因芯片分析結(jié)果信息數(shù)據(jù)綜合，通過(guò)Logistic回歸分析，初步建立起胃癌前病灶癌變可能的預(yù)測(cè)公式，用ROC曲線進(jìn)行了評(píng)估。并將基因芯片基因表達(dá)值進(jìn)行信號(hào)轉(zhuǎn)換后再次推導(dǎo)可能的癌變預(yù)測(cè)公式，下載NCBIGEO公共數(shù)據(jù)庫(kù)中數(shù)據(jù)進(jìn)行了初步的驗(yàn)證性判別。通過(guò)上述實(shí)驗(yàn)，我們成功地建立起可供研究使用的胃癌以及癌前病灶臨床組織數(shù)據(jù)庫(kù)，為臨床胃癌一級(jí)預(yù)防數(shù)據(jù)庫(kù)的建立打下

4、堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)；發(fā)現(xiàn)了可以將胃癌與癌前病灶相區(qū)分的基因亞集并進(jìn)行了功能注釋；同時(shí)發(fā)現(xiàn)了一條與粘附相關(guān)的生物學(xué)通路，并得到了通路相關(guān)的細(xì)胞外基質(zhì)基因亞集以及膠原基因亞集，而這些基因亞集同樣能夠有效地將胃癌與癌前病灶相區(qū)分。而膠原系列的基因表達(dá)譜可能成為胃癌潛在的分類器。此外我們還發(fā)現(xiàn)了GS003，這個(gè)在病理組織學(xué)上仍然為癌前病灶，而基因水平已被分類為胃癌的樣本，它有可能是存在于胃癌前病灶向胃癌轉(zhuǎn)變過(guò)程中重要階段的組織類型，有可能為準(zhǔn)確判斷胃癌前