版權說明:本文檔由用戶提供并上傳,收益歸屬內容提供方,若內容存在侵權,請進行舉報或認領
文檔簡介
1、壯體長春鳊(Parabramis pekinensis strenosoma)與團頭魴(Megalobramaamblycephala)都是我國生長快、抗病強、營養(yǎng)價值高的人工養(yǎng)殖優(yōu)質草食性魚類。壯體長春鳊作為長春鳊的一個亞種,具有優(yōu)良的肥滿度等生長特性,因此有著更大的經濟價值和淡水養(yǎng)殖潛力。與此同時,壯體長春鳊的這種形態(tài)學變異是研究遺傳變異與表型差異的理想生物材料。團頭魴天然群體由于其生境被人為污染破壞和不合理的捕撈,已顯現(xiàn)出種群生物
2、量驟減、體形驅小等狀況;另外,其養(yǎng)殖群體由于近親交配,也出現(xiàn)了生長速度變慢、性成熟個體變小和抗病力變差等情況。為了長春鳊和團頭魴種業(yè)的科學發(fā)展,其種質資源保護和遺傳改良等相關研究工作已顯得非常重要。然而目前對壯體長春鳊的線粒體基因組分子數(shù)據(jù)報道甚少,團頭魴甚至魚類基因組學層面的密碼子偏好模型研究分析也沒有報道。
(1)基于近源物種長春鳊設計14對引物,對壯體長春鳊線粒體全基因進行了擴增和序列分析,其全長16,623bp,A+T
3、堿基占55.93%,表現(xiàn)一定A+T堿基偏好性,共含有37個基因和2個主要的非編碼區(qū),其的位置排列與已公布的其他大部分鯉科魚類基本相一致,通過比較分析其與長春鳊核苷酸相似度高,屬內分化不明顯;基于13個蛋白編碼基因的鲌亞科系統(tǒng)發(fā)育樹基本可靠,屬內物種聚類較好與形態(tài)學分類基本一致。
(2)基于14種魚白亞科線粒體基因組數(shù)據(jù),分析了團頭魴密碼子使用偏好性及與其它鲌亞科魚類使用的差異,團頭魴對密碼子的使用有著較強偏好性,發(fā)現(xiàn)了有25偏
4、好性的密碼子,在同義密碼子使用中,團頭魴更偏好使用A結尾的密碼子;團頭魴與長春鳊、大眼華鳊密碼子使用偏好差異較小,與餐、海南鲌、翹嘴鲌、紅鰭原鲌差異略大與寡鱗飄魚差異最大,差異大小與親緣關系相一致,密碼子的偏好較好的反映了鲌亞科魚類的進化關系。
(3)基于團頭魴RNA-seq數(shù)據(jù)對密碼子和密碼子對使用偏好進行了全面分析。識別出了5個高頻密碼子,而NUA和NCG密碼子使用頻率較低。此外還識別出了724個高頻密碼子對,其編碼335
5、個氨基酸對;和14個偏好使用與199避免使用密碼子對。密碼子使用在基因不同位置有較大異質性,靠近起始和終止密碼子附近的異質性最大,且有保守的側翼序列或相鄰密碼子?;蜷g的密碼子使用偏好主要有GC3驅使,有6個GO分類和甲基化調節(jié)受基因GC3的影響。脊椎動物的密碼子模型都有著物種差異性且與進化地位有關,使用密碼子對的偏好對脊椎動物的進化估計更加準確。
本研究為評估利用壯體長春鳊種質資源,探究屬內遺傳變異及相關育種工作提供了分子資
溫馨提示
- 1. 本站所有資源如無特殊說明,都需要本地電腦安裝OFFICE2007和PDF閱讀器。圖紙軟件為CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.壓縮文件請下載最新的WinRAR軟件解壓。
- 2. 本站的文檔不包含任何第三方提供的附件圖紙等,如果需要附件,請聯(lián)系上傳者。文件的所有權益歸上傳用戶所有。
- 3. 本站RAR壓縮包中若帶圖紙,網頁內容里面會有圖紙預覽,若沒有圖紙預覽就沒有圖紙。
- 4. 未經權益所有人同意不得將文件中的內容挪作商業(yè)或盈利用途。
- 5. 眾賞文庫僅提供信息存儲空間,僅對用戶上傳內容的表現(xiàn)方式做保護處理,對用戶上傳分享的文檔內容本身不做任何修改或編輯,并不能對任何下載內容負責。
- 6. 下載文件中如有侵權或不適當內容,請與我們聯(lián)系,我們立即糾正。
- 7. 本站不保證下載資源的準確性、安全性和完整性, 同時也不承擔用戶因使用這些下載資源對自己和他人造成任何形式的傷害或損失。
最新文檔
- 昆蟲基因組密碼子使用及進化分析.pdf
- 56322.影響基因組密碼子使用的因素分析
- 基因組GC含量與堿基、密碼子和氨基酸使用偏好的關系.pdf
- 24918.植物線粒體基因組密碼子偏性的特征和形成原因的研究
- 基于全基因組的玉米LBD轉錄因子家族分析及密碼子使用模式分析.pdf
- 家蠶線粒體基因組全序列測定及分析.pdf
- 文蛤線粒體基因組序列測定及進化分析.pdf
- 同義密碼子重復序列中密碼子的使用與比較.pdf
- 基于基因組學的團頭魴植食性機制研究.pdf
- 果蠅基因組中內含子數(shù)目與密碼子使用偏性的關系.pdf
- 桑尺蠖線粒體全基因組序列的測定及分析.pdf
- 20444.基于密碼子偏性和分枝聚類的密碼子置換模型的統(tǒng)計推斷
- 基于RNA-seq測序技術糜子轉錄組分析以及糜子葉綠體基因組密碼子使用模式分析.pdf
- 46869.疾病基因密碼子使用特征分析及致病基因預測
- 疾病相關的選擇性剪接基因與密碼子和互補密碼子的生物信息學分析.pdf
- 兩種紡織娘線粒體基因組測定及分析.pdf
- 基于楊梅RNA--Seq的密碼子偏好性與果實品質功能基因轉錄特性分析.pdf
- 木通紅喀木虱線粒體基因組測定與分析.pdf
- 擴展青霉脂肪酶基因克隆、密碼子優(yōu)化及表達.pdf
- 家蠶線粒體基因組系列測定,結構分析及其有關基因進化研究.pdf
評論
0/150
提交評論