基于密碼子替代矩陣的序列比對(duì).pdf

1、序列比對(duì)作為生物信息學(xué)中最基本的分析研究方法，是在兩個(gè)或者多個(gè)蛋白質(zhì)序列之間或核苷酸序列之間進(jìn)行比較，分析它們的相似性和同源性, 尋找有進(jìn)化關(guān)系的序列之間共同保守區(qū)域、位點(diǎn)和輪廓（profile），從而探索導(dǎo)致它們產(chǎn)生共同功能的序列模式。 序列比對(duì)分為兩序列比對(duì)和多序列比對(duì)。多序列比對(duì)問(wèn)題是典型的NP難問(wèn)題。當(dāng)前存在的多序列比對(duì)算法和多序列比對(duì)程序，都試圖在較少的時(shí)間和空間消耗下取得盡可能好的比對(duì)結(jié)果。 事實(shí)上，替代矩陣

2、在序列比對(duì)中扮演著極其重要的角色，直接影響最終的比對(duì)結(jié)果。目前生物序列比對(duì)中常用的替代矩陣都是氨基酸替代矩陣和核苷酸替代矩陣。我們知道，基因突變發(fā)生在核苷酸級(jí)，是由某個(gè)核苷酸堿基發(fā)生突變引起的，但是突變是否被自然選擇所接受則取決于蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，因此選擇是發(fā)生在氨基酸級(jí)的。單純使用氨基酸和核苷酸來(lái)構(gòu)造替代矩陣都存在遺傳信息缺失的可能，這兩種替代矩陣都不是太準(zhǔn)確。 密碼子既包含了核苷酸的信息又可推算出對(duì)應(yīng)的氨基酸，所以以密碼子