10270.應(yīng)用abeemσπmm方法計(jì)算某些有機(jī)分子及多肽分子的總能量并探究絲氨酸二肽和三肽分子的穩(wěn)定構(gòu)象

1、分類號：密級：應(yīng)用及多學(xué)校代碼：學(xué)號：遣掌坪筢大學(xué)10165201311000931碩士學(xué)位論文⑨ABEEM硎MM方法計(jì)算某些有機(jī)分子肽分子的總能量并探究絲氨酸二肽和三肽分子的穩(wěn)定構(gòu)象作者姓名：學(xué)科、專業(yè)：研究方向：導(dǎo)師姓名：林小婷物理化學(xué)理論與計(jì)算化學(xué)楊忠志教授2016年5月遼寧師范大學(xué)碩士學(xué)位論文摘要本論文的研究主要分為兩部分內(nèi)容：第一部分是應(yīng)用ABEEMG兀／MM方法快速計(jì)算分子的總能量。這種方法是建立在將ABEEM覦模型與分子力

2、場結(jié)合的基礎(chǔ)之上的，ABEEMozc是在G兀水平上的原子鍵電負(fù)性均衡方法。所調(diào)節(jié)的參數(shù)具有一定的一致性和可轉(zhuǎn)移性。本文應(yīng)用ABEEM觚／MM方法計(jì)算醇類、醛類、酸類和多肽分子的總能量，所得的計(jì)算結(jié)果與從頭算MP2／6—311十G(d，p)方法計(jì)算結(jié)果非常接近，所得的均方根偏差(RMSD)為200kcal／mol，絕對偏差(MAD)為145kcal／mol，線性相關(guān)系數(shù)為10000。同時對于不同的同分異構(gòu)體分子之問，應(yīng)用ABEEM6兀／M

3、M方法計(jì)算所得的能量的相對偏差也與應(yīng)用從頭算MP2／6311G(d，p)計(jì)算所得的能量的相對偏差非常接近。我們的參數(shù)不僅僅適用于只含烷基的醇、醛和酸類分子，對于含有官能團(tuán)N02，一OH，一Ph，一CO的醇、醛、酸類分子也有很好的一致性和可轉(zhuǎn)移性。第二部分是應(yīng)用ABEEMr沈／MM方法獲得絲氨酸二肽和三肽的穩(wěn)定構(gòu)象。應(yīng)用ABEEMdzdMM方法能夠快速獲得與應(yīng)用從頭算B3LYP／6311G(d，p)方法相同的絲氨酸二肽34種和三肽44種穩(wěn)

4、定構(gòu)象，并且與從頭算B3LYP／6311G(d，p)方法相比，二者所獲取的穩(wěn)定構(gòu)象的骨架二面角和支鏈二面角都很接近。而OPLS／AA和AMBER99sb方法都不能獲得全部的絲氨酸二肽和三肽的穩(wěn)定構(gòu)象。對于絲氨酸二肽，分別應(yīng)用ABEEM巧n／MM、OPLS／AA和AMBER99sb力場方法所獲得的各個穩(wěn)定構(gòu)象的二面角叭叭x，和X2與從頭算B3LYP／6—311十G(d，p)的結(jié)果相比的平均絕對偏差(MAD)分別是48。、89。和120。；