鹽脅迫下紫桿檉柳cDNA文庫構建及表達序列標簽（EST）分析.pdf

1、檉柳抗旱、耐鹽能力強,因此是進行耐鹽堿機理研究的良好材料,但目前,有關檉柳耐鹽堿的分子機理研究國內外尚未見報道.該文為了研究檉柳的耐鹽機理構建了0.4 mmol/L NaHCO<,3>脅迫處理的檉柳cDNA文庫,隨機選取重組克隆測序,用表達序列標簽(EST)方法研究NaHCO<,3>脅迫下檉柳基因的表達.cDNA初始文庫滴度為1.2×10<'6>pfu/mL,藍白斑檢驗結果表明,文庫重組率為96﹪,PCR檢測表明插入片段的平均長度1 2

2、00bp左右.隨機挑選文庫中的克隆進行測序.將獲得序列去除5′端載體序列、文庫接頭序列和poly(A)序列.共獲得2328條讀序較好的序列.以獲得的2 328條序列建立該地核酸數據庫.該地BLAST獲得642個與其它序列無同源區(qū)的序列,其余的1 686條序列依照同源性聚為281個序列集,對每個序列集通過序列聯配獲得359個contig.用于網上進行BLAST分析的獨立序列共有1001個.文庫的冗余度為57﹪.1001個序列的BLASTX

3、分析表明,有428個與已知功能的基因序列相似,234個與未知功能的基因相似,339個未能發(fā)現相似序列.將428個代表獨立已知功能基因的EST,按功能分為11個類,其中防御基因、新陳代謝和蛋白合成及分揀的表達豐度最高,分別為25.26﹪、20.65﹪和15.37﹪.對與耐鹽有關基因EST分析結果表明,信號元件、轉錄調控、應激蛋白和活性氧清除劑所包含的表達的基因比較多,這些基因的表達豐度也較高,分別為4.1﹪、1.9﹪、3.3﹪和0.9﹪,