基于線粒體COI基因序列研究口蝦蛄群體的遺傳多樣性及微衛(wèi)星引物的開(kāi)發(fā).pdf

1、 分類(lèi)號(hào) 分類(lèi)號(hào) 密 級(jí) U D C 編 號(hào) 碩 士 學(xué) 位 論 文 基于線粒體 COI 基因序列研究 口蝦蛄群體的遺傳多樣性及微衛(wèi)星引物 的開(kāi)發(fā) 董鑫 1122001 指導(dǎo)教師姓名 邢 坤（副教授）

2、 專(zhuān) 業(yè) 名 稱(chēng) 漁業(yè)資源 論文答辯日期 2014 年 6 月 5 日 學(xué)位授予日期 2014 年 6 月 摘要 I 摘 要 口蝦蛄隸屬于蝦蛄科，口蝦蛄屬，廣泛分布于印度洋-太平洋海域?？谖r蛄因其肉味鮮美和營(yíng)養(yǎng)豐富，是一種具有較高經(jīng)濟(jì)價(jià)值的優(yōu)良野生品種。 對(duì)采自皮口、 綏中、 青島和廣州 4 個(gè)海域的口蝦蛄群體的線粒體

3、 CO I 基因序列進(jìn)行擴(kuò)增和測(cè)序，比較并分析了其遺傳多樣性和系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。研究獲得 585bp 的口蝦蛄線粒體CO I 基因序列，變異位點(diǎn) 54 個(gè)，占總位點(diǎn)數(shù)的 9.2%。CO I 基因序列 A+T 含量（64.8%）顯著高于 G+T 含量（35.2%） ，符合節(jié)肢動(dòng)物線粒體 DNA 堿基組成的特點(diǎn)。轉(zhuǎn)換與顛換的平均比值是 7.84，堿基替換未達(dá)到飽和。100 個(gè)樣本的線粒體 CO I 基因序列共定義 35 個(gè)單倍型，單倍型多樣性（

4、Hd）為 0.9616，平均核苷酸多樣性（π）為 0.02027。4 個(gè)群體均具有高的單倍型多樣性和低的核苷酸多樣性的特點(diǎn)，說(shuō)明 4 個(gè)海域口蝦蛄的遺傳多樣性均處于中等水平，但廣州海域的遺傳多樣性水平最高。AMOVA 分析表明，來(lái)自于群體間的遺傳差異（84.53%）明顯高于來(lái)自群體內(nèi)的差異（15.47%） 。遺傳分化系數(shù)（Fst）表明皮口、 綏中、 青島 3 個(gè)海域間幾乎沒(méi)有發(fā)生分化 （Fst＜0） ， 而廣州海域口蝦蛄遺傳分化較大。從

5、 Genbank 上下載了 19 條粵東海域口蝦蛄的同源序列與本實(shí)驗(yàn)獲得序列共同構(gòu)建 NJ 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，結(jié)果顯示皮口、綏中、青島聚為一支，廣州和粵東（深圳和汕尾）聚為另一支。單倍型系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)和單倍型進(jìn)化網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖均顯示出廣州海域口蝦蛄群體較大的遺傳分化。本研究分析了 4 個(gè)群體的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)，為保護(hù)和合理開(kāi)發(fā)利用口蝦蛄野生資源提供分子生物學(xué)依據(jù)。 本文利用通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)獲得的口蝦蛄轉(zhuǎn)錄組序列設(shè)計(jì)微衛(wèi)星引物。在獲得的98818

6、 條 Unigene 序列中共發(fā)現(xiàn) 19050 個(gè) SSR 位點(diǎn)，分布在 13309 條 Unigene 中，發(fā)生頻率為 13.5%，其中有 3563 條 Unigene 含 2 個(gè)及 2 個(gè)以上的 SSR 位點(diǎn)。從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中選取雙堿基重復(fù)次數(shù)在 14 次以上，三堿基重復(fù)次數(shù)在 7 次以上，四堿基重復(fù)次數(shù)在 6 次以上，五堿基和六堿基重復(fù)次數(shù)在 5 次以上以及復(fù)合型的微衛(wèi)星，根據(jù)其兩端的側(cè)翼保守序列，利用 NCBI 上的 Prime