牛支原體的分離鑒定及其全基因組序列測定與分析.pdf

1、本試驗從患肺炎和關(guān)節(jié)炎并發(fā)癥的犢牛病例中分離出一株疑似支原體菌株，利用病原分離培養(yǎng)、生化鑒定方法初步確定該菌株為牛支原體，通過PCR擴增牛支原體特異性oppD/F片段和PCR產(chǎn)物測序比對，確診該菌株為牛支原體并命名為NM2012。為了解牛支原體NM2012的全基因組信息，對其進行了全基因組序列測定及分析，為進一步研究該菌株奠定數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。結(jié)果如下:
　　該分離株在支原體固體培養(yǎng)基上長出光滑、白色的小菌落，顯微鏡下觀察可見具有中心臍的

2、“煎蛋樣”菌落形態(tài)。生化試驗結(jié)果表明，其不發(fā)酵葡萄糖、不水解精氨酸、不分解尿素，明膠液化為陰性。
　　該分離株P(guān)CR擴增產(chǎn)物片段與預期目的片段一致，序列測定后經(jīng)BLAST比對發(fā)現(xiàn)與牛支原體同源性為99％。
　　該分離株全基因組序列測序結(jié)果表明其基因組大小為993,483 bp，GC％含量為29.26％;預測編碼區(qū)含885個ORFs，總長度為834，042 bp，占基因組全長的83.95％，編碼區(qū)GC％含量為29.68％;非編

3、碼區(qū)總長度為159,441 bp，占基因組全長的16.05％，非編碼區(qū)GC％含量為27.06％;串聯(lián)重復序列79個，總長為9，203 bp，占基因組全長的0.92％，小衛(wèi)星序列53個，微衛(wèi)星序列5個;tRNA34個，rRNA4個。
　　對序列分析發(fā)現(xiàn)，其與可變表面脂蛋白相關(guān)的基因有10個，具有編碼烯醇化酶、伴侶蛋白DnaK、DnaJ和GrpE的基因，34個tRNA能夠編碼21種氨基酸，具有4個rRNA，分別為2個5S rRNA，1