基于RNA--Seq的陽(yáng)春砂果實(shí)發(fā)育過(guò)程中糖和萜類代謝的研究.pdf

1、廣州中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：所呈交的學(xué)位論文，是個(gè)人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨(dú)立進(jìn)行研究工作所取得的成果。除文中已經(jīng)特別加以注明引用的內(nèi)容外，本論文不含任何其他個(gè)人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過(guò)的作品成果。對(duì)本文的研究做出重要貢獻(xiàn)的個(gè)人和集體，均已在文中以明確方式標(biāo)明并致謝。本人完全意識(shí)到本聲明的法律結(jié)果由本人承擔(dān)。學(xué)位論文作者簽名主垂豇El期：加l牛年歲月弓。日關(guān)于學(xué)位論文使用授權(quán)的聲明本人完全了解廣州中醫(yī)藥大學(xué)有關(guān)保留使用學(xué)位論文

2、的規(guī)定，同意學(xué)校保留或向國(guó)家有關(guān)部門機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和電子版，允許被查閱和借閱。本人授權(quán)廣州中醫(yī)藥大學(xué)可以將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索，可以采用影印、縮印或其他復(fù)印手段保存和匯編本學(xué)位論文。(保密論文在解密后應(yīng)遵守此規(guī)定)論文作者簽名童遣＆論文導(dǎo)師簽名日期：20l牛年了月30B22陽(yáng)春砂不同發(fā)育期果實(shí)的表達(dá)譜分析及糖和萜類代謝相關(guān)差異表達(dá)基因的篩選對(duì)3個(gè)不同發(fā)育時(shí)期(幼果期、成熟中期、成熟末期)的果實(shí)進(jìn)行RNA

3、Seq表達(dá)譜測(cè)序，篩選出差異表達(dá)基因后，進(jìn)行表達(dá)趨勢(shì)分析。重點(diǎn)分析與糖代謝、萜類代謝以及轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的差異表達(dá)基因，并選擇部分差異表達(dá)基因進(jìn)行qPCR驗(yàn)證。提取陽(yáng)春砂果實(shí)不同發(fā)育期、不同部位(果皮和種子團(tuán))總RNA，反轉(zhuǎn)錄為cDNA。選擇糖和萜類代謝中的部分差異表達(dá)基因的unigenes作為目的基因，設(shè)計(jì)并合成引物，qPCR檢測(cè)基因相對(duì)表達(dá)量，并結(jié)合表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。23不同發(fā)育時(shí)期陽(yáng)春砂果實(shí)糖及萜類代謝研究將3個(gè)不同發(fā)育時(shí)期的果實(shí)分

4、為果皮和種子團(tuán)，分別用乙醇、酶提取緩沖液提取可溶性糖和粗酶，HPLC法測(cè)定可溶性糖含量，紫外分光光度法測(cè)定酶活性。石油醚微波萃取法提取揮發(fā)性萜類，通過(guò)GC／MS測(cè)定揮發(fā)性萜類的含量。3結(jié)果31陽(yáng)春砂轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘通過(guò)高通量RNASeq測(cè)序獲得了陽(yáng)春砂全轉(zhuǎn)錄本信息，共得到144，020個(gè)unigenes序列。對(duì)unigenes進(jìn)行基因功能注釋，通過(guò)COG功能分類，26，303個(gè)unigenes歸到25個(gè)功能類別。通過(guò)GO數(shù)據(jù)庫(kù)注釋，31，

5、978個(gè)unigenes被歸類到44個(gè)功能類別中，其中歸類到代謝過(guò)程的unigenes有14，456個(gè)。通過(guò)KEGG代謝通路分析，將21，254個(gè)unigenes分為270類，淀粉和蔗糖代謝通路相關(guān)的unigenes有567個(gè)，萜類骨架生物合成途徑的unigenes有154個(gè)。搜索到了12，715個(gè)SSR位點(diǎn)，其中重復(fù)次數(shù)最多是三核苷酸重復(fù)。通過(guò)構(gòu)建分子進(jìn)化樹，對(duì)陽(yáng)春砂的HMGR、DXR和DXS的多個(gè)unigenes進(jìn)行了分類和功能預(yù)測(cè)

6、。單萜合成途徑中除了月桂烯／羅勒烯合酶(myrcene／ocimenesynthase)注釋到KEGG通路外，還挖掘出了3個(gè)單萜合酶、2個(gè)倍半萜合酶可能的unigenes。32陽(yáng)春砂不同發(fā)育期果實(shí)的表達(dá)譜分析以及糖和萜類代謝相關(guān)差異表達(dá)基因的篩選對(duì)陽(yáng)春砂幼果、成熟中期果實(shí)、成熟末期果實(shí)進(jìn)行表達(dá)譜測(cè)序，篩選出3個(gè)發(fā)育期的差異表達(dá)基因22，483個(gè)。通過(guò)STEM軟件分析得到了3個(gè)顯著變化的差異表達(dá)趨勢(shì)，分別為先上升后不變、持續(xù)上升和持續(xù)降低