青蝦ITS1序列SNP位點(diǎn)的篩選及其在雜交遺傳分析中的應(yīng)用.pdf

1、青蝦，學(xué)名日本沼蝦，是我國重要的淡水養(yǎng)殖蝦類。SNP分子標(biāo)記是繼RFLP和微衛(wèi)星標(biāo)記之后最有發(fā)展前途的第三代分子標(biāo)記技術(shù)，已在魚、蝦、蟹、貝等水產(chǎn)動(dòng)物中得到了研究和應(yīng)用，但迄今未見有關(guān)青蝦SNP標(biāo)記篩選及其應(yīng)用的報(bào)道。 本文在篩選合適擴(kuò)增引物的基礎(chǔ)上，采用PCR產(chǎn)物直接測(cè)序法，分析青蝦rDNA基因內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ITS1的DNA序列，以篩選青蝦SNP位點(diǎn)。共分析了32個(gè)太湖水域野生青蝦樣本，結(jié)果表明，青蝦ITS1序列平均長度為174

2、9.8 bp，是迄今已報(bào)道的最長的ITS1序列，A、G、T和C的平均含量分別為29.9％，28.3％、27.7％、14.0％，G+C的平均含量為42.3％。通過序列比對(duì)，共篩選出81個(gè)SNP位點(diǎn)，SNP位點(diǎn)出現(xiàn)頻率為0.0463，其中36個(gè)為C/T轉(zhuǎn)換(占44.44％)，25個(gè)為A/G轉(zhuǎn)換(占30.86％)，5個(gè)為A/T顛換(占6.17％)，8個(gè)為T/G顛換(占9.88％)，5個(gè)為A/C顛換(占6.17％)，1個(gè)為C/G顛換(占1.23

3、％)，1個(gè)A/T或C顛換(占1.23％)。青蝦ITS1序列的81個(gè)SNP位點(diǎn)中，80個(gè)位點(diǎn)為2個(gè)等位基因，1個(gè)位點(diǎn)出現(xiàn)了3個(gè)等位基因，為復(fù)等位基因位點(diǎn)；有22個(gè)SNP位點(diǎn)，其最少出現(xiàn)的等位基因在群體中的基因頻率等于或大于0.0625(即≥2/32)。此外，青蝦ITS1序列中還發(fā)現(xiàn)3個(gè)具有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點(diǎn)、1個(gè)高度變異區(qū)以及大量的缺失、插入。本文首次對(duì)青蝦ITS1序列進(jìn)行了分析，初步弄清了其序列特征，積累了青蝦遺傳背景知識(shí)，在此基礎(chǔ)上，

4、發(fā)現(xiàn)了大量的SNP位點(diǎn)，填補(bǔ)了青蝦SNP研究的空白，為青蝦遺傳育種研究提供了新的分子標(biāo)記。 在篩選出青蝦SNP分子標(biāo)記的基礎(chǔ)上，本文應(yīng)用ITS1序列中的SNP位點(diǎn)對(duì)太湖青蝦、“選育青蝦”及其雜種進(jìn)行了遺傳分析，本文共分析了27個(gè)個(gè)體，其中太湖青蝦、選育青蝦及雜種各9個(gè)個(gè)體，結(jié)果表明，雜種ITS1序列長度介于雙親之間，并且接近雙親的中間值；A、G、T和C的含量及G+C含量等平均值，三個(gè)群體沒有顯著差異。通過全部三個(gè)群體總計(jì)27個(gè)樣

5、本的ITS1序列比對(duì)，共發(fā)現(xiàn)86個(gè)SNP位點(diǎn)，SNP位點(diǎn)出現(xiàn)頻率為0.0489，其中83個(gè)位點(diǎn)為2個(gè)等位基因，3個(gè)位點(diǎn)出現(xiàn)了3個(gè)等位基因，為復(fù)等位基因位點(diǎn)。全部86個(gè)SNP中，67個(gè)SNP位點(diǎn)僅在三個(gè)群體(太湖青蝦、選育青蝦和雜種)中的一個(gè)群體出現(xiàn)，即在對(duì)應(yīng)位點(diǎn)僅一個(gè)群體出現(xiàn)堿基多態(tài)性，其它兩個(gè)群體對(duì)應(yīng)位點(diǎn)未出現(xiàn)堿基多態(tài)性；19個(gè)SNP位點(diǎn)在兩個(gè)群體或三個(gè)群體中出現(xiàn)，即在對(duì)應(yīng)位點(diǎn)多于一個(gè)群體出現(xiàn)堿基多態(tài)性，其中7個(gè)為C/T轉(zhuǎn)換(占36.

6、84％)，4個(gè)為A/G轉(zhuǎn)換(占21.05％)，1個(gè)為A/T顛換(占5.260)，3個(gè)為T/G顛換(占15.79％)，1個(gè)為A/C顛換(占5.26％)，1個(gè)C/T或G顛換(占5.26％)，1個(gè)A/G或C顛換(占5.26％)，1個(gè)A/G或T顛換，(占5.26％)，可用于雜交遺傳分析；可用于雜交遺傳分析的19個(gè)SNP位點(diǎn)中，有13個(gè)屬于前期工作(第二章)篩選出的SNP，6個(gè)為新出現(xiàn)的SNP位點(diǎn)。青蝦ITS1序列中還出現(xiàn)了2個(gè)具有多態(tài)性的微衛(wèi)星

7、位點(diǎn)、1個(gè)高度變異區(qū)以及大量的缺失、插入。SNP位點(diǎn)683 bp(C/T)、1700 bp(A/G)僅在母本太湖青蝦和雜交蝦中出現(xiàn)，說明雜交蝦的這兩個(gè)SNP位點(diǎn)來自母本；1190 bp(T/G)、1673bp(C/T)、1765 bp(T/G)3個(gè)SNP位點(diǎn)僅在父本選育青蝦和雜交蝦中出現(xiàn)，說明雜交蝦的這3個(gè)SNP位點(diǎn)來自父本選育青蝦；父母本共有但雜種中未出現(xiàn)的SNP位點(diǎn)有2個(gè)，分別是A/T1046、和A/G/T1768，推測(cè)可能是小群體