二聚杯芳烴一類新主槽鍵合試劑

1、1二聚杯芳烴：一類新的主槽粘合劑WenbinHuCarolineBleckingMarijetaKraljLidijaSˇumanIvoPiantanidaThomasSchrader摘要摘要：一種新的DNA鍵合試劑被提出。陽(yáng)離子基團(tuán)作用于二聚杯4芳烴的上層邊緣，并且靈活的烷基橋可以被三重乙酰基保護(hù)的杯4芳烴羥化四甲銨在相對(duì)短的合成序列中合成。（35步驟）。這些化合物把自己與雙鏈核酸用非共價(jià)鍵連接，用微摩爾到微毫摩爾的作用力。帶有延長(zhǎng)氫

2、鍵的胍鹽基團(tuán)比銨基更強(qiáng)大，并且芐胺系列優(yōu)于芐氨基系列（見(jiàn)下）。新的配體能簡(jiǎn)單地區(qū)別于RNA和各種DNA，并且可以在紫外，可見(jiàn)光，熒光，CD和核磁共振譜中產(chǎn)生特性變化。特別是低聚核苷酸，超過(guò)100個(gè)堿基對(duì)的親和力增強(qiáng)，從RNA（10微摩爾Kd）AT富（1微摩爾）GC富DNA雙層(10010納摩爾)。溴化乙錠位移研究證實(shí)這種規(guī)律。CE50值非常低，比典型的鍵合劑精胺少300倍?；瘜W(xué)計(jì)量法比之更高（一個(gè)杯芳烴二聚每?jī)蓚€(gè)BP），暗示了一個(gè)潛在的

3、內(nèi)部主槽的聚合配體。多數(shù)紫外可見(jiàn)曲線顯示一個(gè)倒置的形狀，并且開(kāi)始增強(qiáng)DNA化合物的吸收強(qiáng)度。DAPI位移研究表明一個(gè)杯芳烴二聚物可以被容納在燃料加載的DNA中。RNA通過(guò)杯芳烴二聚物絡(luò)合是由一個(gè)激烈的CD光譜過(guò)渡。從典型的形式A到優(yōu)秀的結(jié)構(gòu)B，這提供了主槽鍵合劑進(jìn)一步研究的證據(jù)。配體的方向可以由NMR推導(dǎo)出來(lái)，并且可在1:1復(fù)合物的水里進(jìn)行蒙特卡洛模擬再重現(xiàn)。關(guān)鍵詞關(guān)鍵詞：杯芳烴圓二色性DNA識(shí)別熒光探針氫鍵分子識(shí)別紫外可見(jiàn)光譜引言引言

4、核酸識(shí)別是一個(gè)基本的生物過(guò)程。它是一個(gè)主要的先決條件的基因表達(dá)。所有轉(zhuǎn)錄因子和蛋白質(zhì)調(diào)節(jié)在一個(gè)特定的DNA片段上并且促進(jìn)或者抑制轉(zhuǎn)錄各自的基因。此外，無(wú)數(shù)其他自然產(chǎn)品專為DNA識(shí)別，正如同許多合成的試劑。這些化合物都被綁定到不同區(qū)域的雙鏈核酸上，有著深遠(yuǎn)的生物影響。事實(shí)上，很高比例的臨床藥物抗腫瘤試劑都是DNA鍵合劑。他們的作用機(jī)制主要是依靠夾層（阿霉素）和雙鏈中斷的病變或交叉鏈接（舉個(gè)例子，順鉑和環(huán)磷酰胺），但是這些都有嚴(yán)重的副作用。

5、統(tǒng)稱使用四種不同途徑進(jìn)行DNA識(shí)別：夾層進(jìn)堿基對(duì)，非特定的綁定到糖磷酸鹽骨干上，主副槽的插入。為解決一個(gè)特定的目的基因，后兩個(gè)案例是有利的，因?yàn)?，基本序列可被訪問(wèn)并且是可讀的。Dervan等人已經(jīng)開(kāi)發(fā)出一種酰胺低聚物，能建立成對(duì)的氫鍵接觸到所有的堿基對(duì)組合，并且能夠閱讀一個(gè)47個(gè)堿基片段在小溝槽里面。在游離的人類紅血球，艾滋病毒轉(zhuǎn)錄，今后，可以有效地抑制病毒的復(fù)制。自然更喜歡使用更廣泛的大槽，它有正確的尺寸去適應(yīng)圓柱形的氨基酸α螺旋線。

6、蛋白質(zhì)如鋅指，亮氨酸拉鏈，螺旋狀螺旋和螺旋循環(huán)螺旋結(jié)構(gòu)都很好地適用于這個(gè)用途。堿基對(duì)的分子識(shí)別通過(guò)氫鍵發(fā)生，優(yōu)先與堿基和氨基酸。這樣的殘留物進(jìn)一步穩(wěn)定了磷酸離子形成的復(fù)雜鹽橋。3處理由六種相對(duì)應(yīng)的物質(zhì)處理最后溫和的水解。化合物D4由三份胍制得，廣泛的色譜凈化，耦合，最后用鹽酸處理。單體和二聚體被存儲(chǔ)為各自的三氟乙酸鹽或是鹽酸鹽。這些杯芳烴大體在他們的pK值上不同：兩個(gè)胍鹽二聚體顯示pK值到了12，這個(gè)芐胺衍生物的pK值有10，但是苯甲胺

7、衍生物的pK只有5（在第一次質(zhì)子化步驟）。然而，在pH=7時(shí)，化合物D2，D3和D4本質(zhì)上是六質(zhì)子化的，而D1只帶有兩個(gè)正電荷，這是一個(gè)缺點(diǎn)如果DNA絡(luò)合僅依賴靜電吸引的話。另一個(gè)苯胺和芐胺系列的顯著差異是他們的水溶性：化合物D1和D2僅能溶解在甲醇與水1:1的緩沖溶液中，而毫克數(shù)量級(jí)的D3和D4可以再生理鹽負(fù)荷的水緩沖溶液中。二聚以及單體杯芳烴受到一個(gè)廣泛范圍的DNA和RNA在不同長(zhǎng)度核酸基片鍵合實(shí)驗(yàn)的影響。除了腫瘤細(xì)胞的毒性評(píng)估，這