肉蓯蓉及其寄主梭梭的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序及轉(zhuǎn)移RNA的初步分析.pdf

1、肉蓯蓉(Cistanche deserticola Ma，Cis)屬于列當(dāng)科肉蓯蓉屬，是多年生全寄生性草本植物，專性寄生于藜科小喬木梭梭（Haloxylonammodendron，HA）根部。肉蓯蓉具有極高的藥用價(jià)值，有“沙漠人參”之稱。梭梭是一種十分重要的抗旱固沙植物，對(duì)干旱地區(qū)的生態(tài)環(huán)境有著舉足輕重的作用。目前對(duì)于肉蓯蓉和梭梭的研究只停留在藥用價(jià)值的開發(fā)和生物活性成分的分離等方面，對(duì)其遺傳物質(zhì)和分子水平的研究則鮮有報(bào)道。而本研究的主

2、要目標(biāo)就是通過轉(zhuǎn)錄組測(cè)序手段豐富肉蓯蓉和梭梭的遺傳信息并揭示它們之間可能的RNA轉(zhuǎn)移事件。
　　本研究以內(nèi)蒙古巴彥淖爾市采集的肉蓯蓉和梭梭為實(shí)驗(yàn)材料，利用Illumina高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)其進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，極大的豐富了肉蓯蓉與梭梭的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，并為未來肉蓯蓉和梭梭分子水平的研究奠定了基礎(chǔ)。同時(shí)，通過對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果的生物信息學(xué)分析，以及對(duì)分析結(jié)果的分子生物學(xué)驗(yàn)證，可以探究肉蓯蓉和梭梭之間是否存在著RNA的轉(zhuǎn)移。主要研究成果如下:

3、r>　　1.本研究首次運(yùn)用Illumina高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)肉蓯蓉和梭梭進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，得到了750，000，000多條梭梭與肉蓯蓉的轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)(raw reads)，剔除低質(zhì)量數(shù)據(jù)后剩余723，000，000多條，組裝后獲得長(zhǎng)度為200～500bp的Unigene共130，000多條、長(zhǎng)度為500～1，000bp的Unigene共30，000多條，長(zhǎng)度為1，000～2，000 bp的Unigene共25，000多條，長(zhǎng)度大于2，0

4、00bp的Unigene共17，000多條，總共222，899條Unigene，其中屬于獨(dú)立生長(zhǎng)的梭梭的有95，123條，寄生了肉蓯蓉的梭梭108，575條，肉蓯蓉85，131條，肉蓯蓉與梭梭之間的吸器56，084條。
　　2.①利用Perl語言編程篩選出16，860條可能是肉蓯蓉與梭梭相互轉(zhuǎn)移的Unigene，2712條可能是梭梭轉(zhuǎn)移到肉蓯蓉的Unigene。這些篩選出來的Unigene還可能是梭梭被肉蓯蓉寄生后受激表達(dá)的，具有

5、十分重要的研究?jī)r(jià)值。
　?、诶肞ython語言在美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBI)數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行了數(shù)萬次的比對(duì)，篩選出肉蓯蓉轉(zhuǎn)移到梭梭的Unigene共454條，梭梭轉(zhuǎn)移到肉蓯蓉的Unigene共5016條。
　?、劾帽镜谺last系統(tǒng)將篩選出的Unigene與列當(dāng)科11個(gè)數(shù)據(jù)庫和藜科7個(gè)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)，找到了15條Unigene與列當(dāng)科數(shù)據(jù)庫均有高度同源序列，與藜科數(shù)據(jù)庫均無相似序列，可能為肉蓯蓉轉(zhuǎn)移到梭梭的Unige