沙眼衣原體基因分型及omp1基因多態(tài)性研究.pdf

1、目的:研究從中國部分城市分離的沙眼衣原體臨床株的基因型，通過測(cè)序及進(jìn)化樹分析Omp1基因的多態(tài)性，掌握中國Ct感染的流行病學(xué)特征，為Ct疫苗的研制及Ct感染的防治提供實(shí)驗(yàn)依據(jù)。 方法:從不同城市收集可疑的臨床標(biāo)本，用McCOY細(xì)胞培養(yǎng)，Ct陽性標(biāo)本用于研究。按文獻(xiàn)設(shè)計(jì)特異性引物，巢式PCR擴(kuò)增MOMP約980bp的基因片段(包括四個(gè)變異區(qū))，用內(nèi)切酶AluⅠ、MspⅠ、EcoRⅠ、DdeⅠ酶切相應(yīng)PCR產(chǎn)物，用3％瓊脂糖凝膠及1

2、8％聚丙烯酰胺凝膠電泳分離。同時(shí)從GENEBANK中獲得Ct各參考株的Omp1基因序列，用DNAstar軟件分析目的片段的酶切位點(diǎn)，得到各參考株上述四種內(nèi)切酶的酶切圖譜。根據(jù)各參考株與臨床株的酶切圖譜，將臨床株分型。隨機(jī)選擇部分臨床株P(guān)CR產(chǎn)物雙向測(cè)序，用Mega3軟件構(gòu)建進(jìn)化樹分析臨床株與各參考株之間的親緣關(guān)系。 結(jié)果:細(xì)胞培養(yǎng)301份陽性標(biāo)本，PCR擴(kuò)增出286份，其中湖南衡陽48例、上海32例、廣州52例、廣東江門154例

3、。RFLP分型檢測(cè)，共檢出10個(gè)基因型，分別為E(30.8％)、J(23.8％)、D(17.5％)、F(10.5％)、G(6.2％)、H(3.5％)、K(2.8％)、Ba(2.1％)、Da(1.4％)和I(1.4％)型，并且不同城市間基因型的分布沒有明顯區(qū)別(P＞0.05)?！　?duì)其中86份標(biāo)本測(cè)序，BLAST及進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn)，測(cè)序分型結(jié)果與RFLP結(jié)果完全吻合，且發(fā)現(xiàn)28種基因變體，其中E、F型Omp1基因高度保守，而其它基因型都顯