‘無子甌柑’InDel和SV標記開發(fā).pdf

1、‘無子甌柑’是普通甌柑的芽變，果實無核，且具有普通甌柑(Citrus suavissima Hort.ex Tanaka)的所有優(yōu)良性狀，果實極耐貯藏。無核水果在國內(nèi)和國際市場上占據(jù)重要地位，研究果實的無核機理，為柑橘屬無子品種的開發(fā)具有重要理論指導意義。
　　本研究對‘無子甌柑’及其野生型甌柑葉片進行全基因組重測序分析，獲得InDel及SV多態(tài)性，開發(fā)了基于PCR方法的分子標記。將這些標記運用到減數(shù)分裂異常相關基因的定位，取得的

2、主要研究成果如下:
　　(1)經(jīng)全基因組重測序分析，有子甌柑和‘無子甌柑’與參考基因組之間共獲得約2,729，553個SNP，276，205個InDel，平均每個個體獲得18，896個SV變異。在有子甌柑和‘無子甌柑’所有的Contig中分別得到2，615，477個和2，573，968個SNP位點，其中轉換類型的SNP位點1，705，820個和1，680，199個，占總數(shù)的65.22％和65.28％。顛換類型的SNP位點909，6

3、57個和893，769個，占總數(shù)的34.78％和34.72％。
　　(2)基于全基因組重測序數(shù)據(jù)，我們分析了InDel的分布情況，對InDel變異進行了篩選，采用PCR擴增、聚丙烯酰胺凝膠電泳等方法驗證了有子甌柑與‘無子甌柑’InDel，共發(fā)現(xiàn)99個InDel位點，設計了84對PCR引物。通過InDel的注釋，我們發(fā)現(xiàn)了5個與減數(shù)分裂相關的基因:MYB063，NAC DOMAIN，SMC，XRI1，AGO5。
　　(3)全基

4、因組重測序數(shù)據(jù)分析，有子甌柑與‘無子甌柑’中分別檢測到19，283個和18，509個SV，其中插入變異分別為1，587個和1，853個，占8.23％和10.01％;缺失分別有11，705個和10，861個占60.7％和58.68％;反轉分別有328個和346個，占1.7％和1.87％;染色體內(nèi)異位分別有1，307個和1，275個，占6.78％和6.89％;染色體間異位分別有4，356個和4，174個，占22.59％和22.55％。篩選5