肝癌患者外周血基因表達(dá)譜分析和基因診斷模型的建立.pdf

1、肝細(xì)胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是全世界最常見的惡性腫瘤之一。目前肝癌篩查主要依靠血清甲胎蛋白檢測(cè)和B超檢查對(duì)高危人群進(jìn)行監(jiān)測(cè)，這兩種方法的聯(lián)合使用使部分肝癌在亞臨床階段得以診斷。但由于我國(guó)肝癌患者30％-40％為AFP陰性（AFP<20ng/dL），即AFP的敏感性、特異性不高。因此尋找新的特異肝癌相關(guān)生物標(biāo)志，對(duì)肝癌的早發(fā)現(xiàn)、早診斷、早治療具有重要意義。
　　 基因表達(dá)譜芯片是近年來(lái)迅速發(fā)

2、展起來(lái)的芯片類型之一，已廣泛應(yīng)用于了解多種疾病的發(fā)病機(jī)制，尋找疾病相關(guān)基因，建立基因診斷模型等領(lǐng)域。
　　 本研究首先運(yùn)用Affy技術(shù)平臺(tái)的人類全基因表達(dá)譜芯片技術(shù)，通過(guò)篩選9例原發(fā)性肝細(xì)胞癌患者和5例年齡、性別等相匹配的健康對(duì)照個(gè)體外周血中血細(xì)胞基因mRNA表達(dá)，發(fā)現(xiàn)726個(gè)顯著差異表達(dá)的探針組（Pc<0.05.FC≥2.00），其中103個(gè)顯著上調(diào)，623個(gè)顯著下調(diào)。其中CXCR4，CX3CR1，TLR4，PTPRC，PTG

3、S2，IFNGR1，LYN，CD74，CALR等基因參與免疫過(guò)程。此外，許多基因參與轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)過(guò)程，如PFDN5，JUND，SUB1，ZBTB24，NFKBIA，F(xiàn)OS等，PTPRC，PTGS2，RPS17，RPL39，RPS6，RPS24等基因參與生物合成過(guò)程。
　　 為驗(yàn)證基因芯片的結(jié)果，我們擴(kuò)大實(shí)驗(yàn)標(biāo)本量，另收集40例原發(fā)性肝癌患者和21例年齡、性別等相匹配的健康對(duì)照個(gè)體外周血標(biāo)本。首先進(jìn)行兩組樣本腫瘤標(biāo)志物和生化指標(biāo)的檢測(cè)

4、，并進(jìn)行相應(yīng)的統(tǒng)計(jì)分析。然后選擇基因芯片結(jié)果中顯著差異表達(dá)的15個(gè)基因，采用多重基因檢測(cè)分析技術(shù)（GeXP技術(shù)）進(jìn)行樣本中血細(xì)胞mRNA含量的檢測(cè)，CXCR4，SPAG9，F(xiàn)OS，ANXA1，CALR，IL8，PFN1，GPC3，HGF在兩組間有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異（P<0.05），與基因芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果一致。GZMA由于缺失數(shù)據(jù)較多，予以刪除。
　　 根據(jù)基因芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果，在已進(jìn)行芯片結(jié)果驗(yàn)證的基礎(chǔ)上，建立原發(fā)性肝細(xì)胞癌外周血基因診斷模

5、型。進(jìn)而擴(kuò)大樣本的種類和數(shù)量，另收集40例原發(fā)性肝癌患者，10例肝硬化患者，16例肝炎患者，32例包括肝血管瘤，肝腺癌等良性肝膽疾病患者和21例年齡、性別等相匹配的健康對(duì)照個(gè)體外周血標(biāo)本，并進(jìn)行五組樣本腫瘤標(biāo)志物和生化指標(biāo)的檢測(cè)和統(tǒng)計(jì)分析.然后采用GeXP技術(shù)進(jìn)行15個(gè)基因在五組樣本中血細(xì)胞mRNA的檢測(cè)。結(jié)果顯示：CXCR4，SPAG9，F(xiàn)OS，ANXAl，CALR，IL8，PFNl，GPC3，HGF，HSPAIB，RPS24，在五組

6、間有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異（P<0.05），而PFDN5，GOS2，RPL27在五組間無(wú)顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)差異（P>0.05）。GZMA由于缺失數(shù)據(jù)較多，予以刪除。根據(jù)以上指標(biāo)在五組間的統(tǒng)計(jì)結(jié)果，采用K近鄰算法，5折交叉確認(rèn)，并進(jìn)行100次運(yùn)行，計(jì)算出各組平均準(zhǔn)確率，建立五個(gè)外周血基因診斷模型，其中以PFN1，CALR，SPAG9，IL8，HGF，F(xiàn)OS，GPC3，ANXA1，HSPA1B共九個(gè)指標(biāo)所建立的診斷模型二對(duì)五組樣本的平均準(zhǔn)確率最高，分別是：