肝癌患者外周血基因表達譜分析和基因診斷模型的建立.pdf

1、肝細胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是全世界最常見的惡性腫瘤之一。目前肝癌篩查主要依靠血清甲胎蛋白檢測和B超檢查對高危人群進行監(jiān)測，這兩種方法的聯(lián)合使用使部分肝癌在亞臨床階段得以診斷。但由于我國肝癌患者30％-40％為AFP陰性（AFP<20ng/dL），即AFP的敏感性、特異性不高。因此尋找新的特異肝癌相關生物標志，對肝癌的早發(fā)現(xiàn)、早診斷、早治療具有重要意義。
　　 基因表達譜芯片是近年來迅速發(fā)

2、展起來的芯片類型之一，已廣泛應用于了解多種疾病的發(fā)病機制，尋找疾病相關基因，建立基因診斷模型等領域。
　　 本研究首先運用Affy技術平臺的人類全基因表達譜芯片技術，通過篩選9例原發(fā)性肝細胞癌患者和5例年齡、性別等相匹配的健康對照個體外周血中血細胞基因mRNA表達，發(fā)現(xiàn)726個顯著差異表達的探針組（Pc<0.05.FC≥2.00），其中103個顯著上調，623個顯著下調。其中CXCR4，CX3CR1，TLR4，PTPRC，PTG

3、S2，IFNGR1，LYN，CD74，CALR等基因參與免疫過程。此外，許多基因參與轉錄調節(jié)過程，如PFDN5，JUND，SUB1，ZBTB24，NFKBIA，F(xiàn)OS等，PTPRC，PTGS2，RPS17，RPL39，RPS6，RPS24等基因參與生物合成過程。
　　 為驗證基因芯片的結果，我們擴大實驗標本量，另收集40例原發(fā)性肝癌患者和21例年齡、性別等相匹配的健康對照個體外周血標本。首先進行兩組樣本腫瘤標志物和生化指標的檢測

4、，并進行相應的統(tǒng)計分析。然后選擇基因芯片結果中顯著差異表達的15個基因，采用多重基因檢測分析技術（GeXP技術）進行樣本中血細胞mRNA含量的檢測，CXCR4，SPAG9，F(xiàn)OS，ANXA1，CALR，IL8，PFN1，GPC3，HGF在兩組間有顯著統(tǒng)計學差異（P<0.05），與基因芯片實驗結果一致。GZMA由于缺失數(shù)據(jù)較多，予以刪除。
　　 根據(jù)基因芯片實驗結果，在已進行芯片結果驗證的基礎上，建立原發(fā)性肝細胞癌外周血基因診斷模

5、型。進而擴大樣本的種類和數(shù)量，另收集40例原發(fā)性肝癌患者，10例肝硬化患者，16例肝炎患者，32例包括肝血管瘤，肝腺癌等良性肝膽疾病患者和21例年齡、性別等相匹配的健康對照個體外周血標本，并進行五組樣本腫瘤標志物和生化指標的檢測和統(tǒng)計分析.然后采用GeXP技術進行15個基因在五組樣本中血細胞mRNA的檢測。結果顯示：CXCR4，SPAG9，F(xiàn)OS，ANXAl，CALR，IL8，PFNl，GPC3，HGF，HSPAIB，RPS24，在五組

6、間有顯著統(tǒng)計學差異（P<0.05），而PFDN5，GOS2，RPL27在五組間無顯著統(tǒng)計學差異（P>0.05）。GZMA由于缺失數(shù)據(jù)較多，予以刪除。根據(jù)以上指標在五組間的統(tǒng)計結果，采用K近鄰算法，5折交叉確認，并進行100次運行，計算出各組平均準確率，建立五個外周血基因診斷模型，其中以PFN1，CALR，SPAG9，IL8，HGF，F(xiàn)OS，GPC3，ANXA1，HSPA1B共九個指標所建立的診斷模型二對五組樣本的平均準確率最高，分別是：