二代測序鑒定胃癌基因突變.pdf

1、胃癌是世界范圍內(nèi)最常見的惡性腫瘤之一，發(fā)病率在所有腫瘤中排第四位，在癌癥所致的死亡中胃癌引起的死亡居于第二位。胃癌在我國的發(fā)病率和死亡率較高，胃癌嚴重影響我國人民的健康甚至生命。胃癌的發(fā)生過程是一個多因素的、多環(huán)節(jié)的、多個基因共同參與的復雜過程，為胃癌的診斷及治療帶來了極大的困難。目前胃癌的治療方法主要包括：根治性手術(shù)、化學療法及生物治療。其中手術(shù)治療是胃癌治療的主要方法，目前胃癌患者預(yù)后差源于多數(shù)患者在就診時已處于進展期，失去手術(shù)最佳

2、時機，從而在一定程度上影響了治療效果，因此，目前關(guān)于胃癌早期診斷、易感基因、治療靶點的研究已成為胃癌研究的熱點。積極探索與胃癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)的分子生物標記和治療靶點，有助于為胃癌的診斷治療提供新的方法。二代測序技術(shù)的出現(xiàn)和發(fā)展為腫瘤研究人員提供了強有力的新工具，極大地提高了基因組的測序通量，為解開腫瘤復雜龐大的基因變異開辟了新的途徑。
　　目的：為了在分子水平發(fā)現(xiàn)與胃癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)的基因變異，發(fā)現(xiàn)胃癌中潛在的高頻突變基因，為發(fā)現(xiàn)胃癌

3、發(fā)生發(fā)展中相關(guān)的分子標記和潛在的治療靶點提供理論依據(jù)。
　　方法：胃癌組織樣本由實驗員攜帶便攜式液氮罐于手術(shù)室收集，編號后轉(zhuǎn)送至-80℃超低溫冰箱中存放備用。在腫瘤體細胞變異目錄數(shù)據(jù)庫上篩選出與腫瘤相關(guān)的基因，利用二代測序平臺對胃癌組織進行了291個腫瘤相關(guān)基因的靶向深度測序，對測序得到的數(shù)據(jù)進行處理和分析，與千人基因組計劃數(shù)據(jù)庫比對，得到胃癌患者中的高頻變異基因，進一步進行基因富集通路分析及高頻變異位點在胃癌患者中的臨床病理意義

4、。
　　結(jié)果：經(jīng)檢測發(fā)現(xiàn)，胃癌樣本的突變位點主要分布于外顯子及內(nèi)含子區(qū)域，突變位點對應(yīng)的功能主要為非同義單核苷酸變異及同義單核苷酸變異。平均每個樣本中存在407個單核苷酸變異（其中包含233個同義突變和174個非同義突變）和9個插入缺失變異。經(jīng)過篩選過濾發(fā)現(xiàn)，在148個基因中存在非同義突變，其中77個基因在兩個或兩個以上的樣本中存在變異。突變率較高的基因有TTN，ALK，MUC2，MCC，ATR，SPRR2B，CASP7，PRKD

5、C，NEMF，TP53，F(xiàn)AT4，CYP2B6，F(xiàn)MN2。變異基因所富集的通路如p53 signaling pathway,TGF-βsignaling,apoptosis以及Nucleotide excision repair等信號通路，這些信號通路可能與胃癌的發(fā)生機制存在一定的相關(guān)性。本研究未發(fā)現(xiàn)高頻變異位點與胃癌患者的臨床病理特征存在明顯的相關(guān)性。
　　結(jié)論：
　　1.胃癌組織中的高頻突變基因為TTN，ALK，MUC2

6、，MCC，ATR，SPRR2B，CASP7，PRKDC，NEMF，TP53，F(xiàn)AT4，CYP2B6，F(xiàn)MN2等，其中TTN，SPRR2B，PRKDC，NEMF，CYP2B6以及FMN2基因可能是胃癌中新的變異基因。
　　2.變異基因所富集的通路主要為p53 signaling pathway,TGF-βsignaling,apoptosis等。
　　3.未發(fā)現(xiàn)TTN rs12693166，rs2627043；ALK rs37