中國東南近海條紋斑竹鯊的群體遺傳結(jié)構(gòu)研究.pdf

1、本文通過設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增并測序,獲得并分析條紋斑竹鯊(Chiloscyllium plagiosum,Bennett)的線粒體基因組(mtDNA)中細(xì)胞色素6基因(cyt6)及控制區(qū)(control region)基因的全序列,探討了條紋斑竹鯊瓊海、湛江、廈門、平潭4個(gè)群體的遺傳結(jié)構(gòu)特點(diǎn)和群體分化,主要結(jié)果如下:
　　 1.條紋斑竹鯊mtDNA的cytb全序列長度為1146 bp。共發(fā)現(xiàn)20個(gè)變異位點(diǎn),變異主要發(fā)生在三聯(lián)密

2、碼子的第三個(gè)堿基上,在堿基組成上呈現(xiàn)顯著的反G偏倚,在密碼子使用上也存在明顯偏倚性。各地理群體的起始密碼子均相同為標(biāo)準(zhǔn)起始密碼子ATG；終止密碼子的使用也相同。各個(gè)地理群體之間在密碼子第一和第三位的堿基含量略有不同,但是在密碼子的第二位,各堿基含量固定。共確定了23種單倍型,4個(gè)群體的共享單倍型只有1個(gè)。平潭群體的單倍型較其它3個(gè)群體豐富,其單倍型多樣指數(shù)和核苷酸多樣度最高(11=0.75132,π=0.00277)。
　　 2

3、.條紋斑竹鯊mtDNA的控制區(qū)全序列長度為1077-1079 bp。共發(fā)現(xiàn)7個(gè)變異位點(diǎn),2個(gè)插入/缺失位點(diǎn)。堿基組成在群體間基本維持穩(wěn)定,也表現(xiàn)出很強(qiáng)的反G偏倚。共確定了11種單倍型,4個(gè)群體的共享單倍型2個(gè),瓊海群體的單倍型最為豐富,其單倍型多樣指數(shù)最高(h=0.639),群體內(nèi)核苷酸多樣性指數(shù)最大(π=0.00078)。
　　 3.結(jié)合cytb和控制區(qū)序列數(shù)據(jù),分析了4個(gè)群體的遺傳結(jié)構(gòu)和遺傳分化。結(jié)果表明:(1)條紋斑竹鯊的

4、遺傳多樣性較低,推測是第四紀(jì)冰期使條紋斑竹鯊群體經(jīng)歷瓶頸效應(yīng)及現(xiàn)代人為捕撈,污染等因素所致。瓊海和平潭群體顯示了較高的遺傳多樣性,群體內(nèi)出現(xiàn)了較大的遺傳分化。遺傳多樣性分析、中性檢驗(yàn)結(jié)果、單倍型網(wǎng)絡(luò)圖及核苷酸不配對分析均顯示條紋斑竹鯊群體可能在進(jìn)化過程中存在快速的擴(kuò)張過程,且目前的進(jìn)化可能正逐漸偏離中性模式。(2)通過分子變異分析(AMOVA)方法估算,4個(gè)地理群體間存在著顯著的遺傳分化,但是地理距離較近的兩兩群體間遺傳分化不顯著,而距

5、離較遠(yuǎn)的群體問分化顯著。4個(gè)地理種群的基因流和遺傳距離計(jì)算結(jié)果均表明群體間的分化程度很低,單倍型網(wǎng)絡(luò)圖和鄰接關(guān)系樹共同顯示條紋斑竹鯊并沒有按地理分布形成明顯的族群,說明條紋斑竹鯊不同地理群體間的分化較小,空間距離是導(dǎo)致遺傳分化的主要因素。(3)通過繪制單倍型網(wǎng)絡(luò)圖顯示現(xiàn)有的分布群體可能是由2個(gè)祖先群體經(jīng)過遷移后形成。廈門群體在進(jìn)化過程中有逐漸分化出獨(dú)有的遺傳特征的趨勢。湛江群體在進(jìn)化過程中喪失了部分遺傳多樣性,提示應(yīng)重視對該海域條紋斑竹