應(yīng)用mtDNA CytB基因全序列分析白唇鹿和五個(gè)馬鹿亞種的遺傳多樣性與系統(tǒng)進(jìn)化.pdf

1、本研究以白唇鹿、甘肅馬鹿、青海馬鹿、天山馬鹿、東北馬鹿和塔里木馬鹿為研究對(duì)象，根據(jù)鹿線粒體DNA CytB全序列，結(jié)合生物信息學(xué)方法，檢測(cè)了白唇鹿和五個(gè)馬鹿亞種的線粒體細(xì)胞色素B基因全序列的多態(tài)性，旨在分子水平上探討中國(guó)白唇鹿和五個(gè)馬鹿亞種的遺傳多樣性和系統(tǒng)進(jìn)化，為鹿品種遺傳資源的保護(hù)和利用提供科學(xué)理論依據(jù)。 本研究采用clustalX軟件進(jìn)行同源序列比對(duì)；Dnasp4.10軟件用于遺傳多樣性分析、計(jì)算單倍型多樣度、核苷酸多樣

2、度；MEGA4.0軟件采用鄰接法和最小進(jìn)化法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)，并進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析；NETWORK軟件用于網(wǎng)絡(luò)關(guān)系分析，對(duì)中國(guó)白唇鹿和五個(gè)馬鹿亞種的51個(gè)個(gè)體的mtDNA CytB基因全序列進(jìn)行測(cè)序分析，并以黃占線粒體基因組為對(duì)照(Genbank登錄號(hào)為AJ000022)，結(jié)果表明：塔里木馬鹿與甘肅馬鹿、青海馬鹿親緣關(guān)系最遠(yuǎn)，塔里木馬鹿與東北馬鹿較近，與天山馬鹿最近；天山馬鹿與甘肅馬鹿、青海馬鹿親緣關(guān)系較近，與東北馬鹿較遠(yuǎn)；甘肅馬鹿和青

3、海馬鹿是同一個(gè)DNA類(lèi)型。白唇鹿、天山馬鹿、塔里木馬鹿的遺傳多樣性較豐富，甘肅馬鹿、青海馬鹿、東北馬鹿的遺傳多樣性較貧乏。 同時(shí)，引用Genbank已登錄的41條序列，包括非洲馬鹿4個(gè)(登錄號(hào)：AY070222、AY118198、AY244489)，東亞馬鹿2個(gè)(登錄號(hào)：AY070224、AY244490)，西歐馬鹿10個(gè)(登錄號(hào)：AY070226、AY070221、AY044859、AY244491、AF489281、AY0

4、44858、AY044-860、AB021099、AY070226、AY148966)，中東馬鹿3個(gè)(登錄號(hào)：AY118199、AF489280)，北亞/北美馬鹿4個(gè)(AF423198、AB021096、AY044862、AF423199)，梅花鹿5個(gè)(登錄號(hào)：AB021092～AB021094、AY035876、AB021095，南亞馬鹿3個(gè)(登錄號(hào)：AY035875、AY070223、AY044861)，水鹿3個(gè)(登錄號(hào)：AY035

5、874、AF423200、AF423201)，巴爾干馬鹿7個(gè)(登錄號(hào)：AY044857、AF423195、AF423196、AF489279、AY118197、AY070225)，17個(gè)單倍型結(jié)合41條引用的序列信息，分別構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)和網(wǎng)絡(luò)親緣關(guān)系分析，結(jié)果表明：塔里木馬鹿與西方馬鹿群體遺傳距離(0.044)和東方馬鹿群體遺傳距離(0.059)比較，說(shuō)明塔里木馬鹿與西方馬鹿系統(tǒng)的親緣關(guān)系更近。梅花鹿與馬鹿的遺傳距離(0.040)較近，