食管鱗癌的體細胞水平基因組變異.pdf

1、目的:食管鱗狀細胞癌（esophageal squamous cell carcinoma，ESCC）是全球常見的致死性惡性腫瘤。為進一步探討其分子機制，我們利用全基因組外顯子測序技術(shù)尋找食管鱗癌中多發(fā)的突變，包括點突變、結(jié)構(gòu)變異等，并且進一步鑒定食管鱗癌中多發(fā)的單核苷酸變異(Single nucleotide variation，SNV)。在體細胞水平探討食管鱗癌發(fā)生發(fā)展的分子機制。
　　方法:1.通過外顯予測序生成并收集數(shù)據(jù)庫

2、ESCC測序數(shù)據(jù)。2.128對食管鱗癌外顯子測序數(shù)據(jù)采用新一代基因序列比對方法(Burrows Wheeler Alignment,BWA)進行比對進而運用突變計算軟件(Genome Analysis Toolkit，GATK)、(Mutation Detect, MuTect)發(fā)現(xiàn)SNV。3.用數(shù)學(xué)分析方法來識別那些比預(yù)計隨機發(fā)生更加頻繁發(fā)生突變的基因（Mutation Significance covariates，MutSigCV

3、）進行突變篩選。4.運用R語言統(tǒng)計軟件比較SNV計算方法和不同研究發(fā)現(xiàn)的SNV。5.用剪接體揭示結(jié)構(gòu)變異算法（Clipping Reveals Structure，CREST）分析ESCC外顯子序列結(jié)構(gòu)變異(Structual Variation，SV)。6.對ESCC突變基因進行功能分析(Gene Ontology, GO)。
　　結(jié)果:1.外顯子測序生成的10對ESCC測序數(shù)據(jù)，編號為“ZHSHAN10”合并收集的118對ES

4、CC測序數(shù)據(jù)，編號為“SRP30009”共128對標本的信息。2.128對ESCC測序數(shù)據(jù)比對和突變計算后發(fā)現(xiàn)18863個SNV。3.MutSigCV計算后篩選得到175個突變基因。4.PLEC、EPPK1、N4BP3、KRT35等突變頻率較高的多發(fā)性點突變基因尚未報道。5.ESCC的PLEC基因突變主要發(fā)生在(8q24.3)位置。6.CREST算出1601個結(jié)構(gòu)變異，其中14個結(jié)構(gòu)變異發(fā)生頻率較高包括:TITIN、MUC16、BRCA

5、1、FAT1、TESK1(＞10％)。7.GO分析得出ESCC的突變基因與RAS家族、細胞周期、鈣粘蛋白、網(wǎng)蛋白、蛋白磷酸化、甲基化、鋅指結(jié)構(gòu)、G蛋白信號調(diào)節(jié)、角蛋白相關(guān)蛋白、核轉(zhuǎn)錄因子、腫瘤壞死因子、凋亡、超激活、染色體開放閱讀框等相關(guān)。
　　結(jié)論:通過分析食管鱗癌的外顯子測序數(shù)據(jù)，在體細胞水平對中國人食管鱗癌的基因組變異進行探討，并比較不同研究食管鱗癌基因組研究的方法、發(fā)現(xiàn)突變的結(jié)果等，進而對食管鱗癌多發(fā)性點突變、結(jié)構(gòu)變異等信