小麥microRNA的鑒定與分析.pdf

1、microRNA是一類長約22nt的內(nèi)源非編碼小分子RNA，在線蟲、果蠅、家鼠、人體及擬南芥等生物中普遍存在，并對其生長發(fā)育起著重要的調(diào)控作用。目前研究人員通過實驗和計算機的方法在植物和動物中發(fā)現(xiàn)了越來越多的microRNA分子，但是在利用實驗方法檢測microRNA時，當microRNA在生物體內(nèi)表達量低或在特定階段表達時，就很難檢測到microRNA分子。例如一些microRNA由于其自身的特性，包括序列組成或轉(zhuǎn)錄后編輯或甲基化修飾

2、等而難以克隆，另外由于大多數(shù)內(nèi)源siRNA和microRNA的低水平表達產(chǎn)生的低信號使得利用基因芯片技術鑒定microRNA分子也困難重重。近年來，隨著人類基因組和許多模式生物基因組測序工作的完成，利用計算機搜索microRNA的方法逐漸普及。小麥營養(yǎng)比較豐富、經(jīng)濟價值較高，是世界上總產(chǎn)量占第二位的糧食(僅次于玉米)，是人和動物的主食之一，也是我國糧食系統(tǒng)中的重中之重。我國是世界上小麥生產(chǎn)的第一大國，小麥生產(chǎn)自然是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中的一個重要部

3、分，所以對小麥的抗蟲害抗鹽等性狀的研究就顯得十分重要。由于近期對于microRNA的研究表明它們與植物各個階段的生長發(fā)育息息相關，所以對小麥microRNA的研究也非常必要，而對小麥microRNA研究的第一步就是找出小麥中盡可能多的microRNA和它們的靶序列的種類和功能。 利用生物信息學方法在小麥基因組及EST庫中搜索可能的microRNA分子，望借此一方面增加小麥microRNA數(shù)據(jù)庫，以方便今后對小麥基因表達調(diào)控的深一

4、步研究，另一方面研究小麥microRNA與其靶序列的作用方式及其靶序列的功能以便了解整個植物microRNA與其靶序列的作用系統(tǒng)。 首先從miRBase數(shù)據(jù)庫中挑選出所有植物中已報道的microRNA分子的成熟序列作為模板序列進行同源性搜索，再分析其二級結構并篩選出符合microRNA二級結構特征的序列作為小麥microRNA的候選分子，挑出部分非EST序列，利用RT-PCR驗證表達情況，最后利用在線分析軟件找出這些候選分子的靶

5、序列，對其靶序列的功能進行分析，預測小麥及整個植物microRNA分子的功能?，F(xiàn)將結果小結如下： 在小麥基因組和EST數(shù)據(jù)庫中利用生物信息學方法搜索出29個與其它植物同源的microRNA候選分子。經(jīng)過分析發(fā)現(xiàn)所鑒定的29個microRNA候選分子屬于22個保守的microRNA家族，4個microRNA分子為多拷貝，19個microRNA分子為單拷貝。29個候選分子中有20個為EST序列，在剩下的非EST序列中抽出6個進行RT