LMP基因+3152C-T和rs2071543 SNP位點(diǎn)多態(tài)性與中國人散發(fā)性大腸癌及法醫(yī)學(xué)意義研究.pdf

1、大腸癌是我國最為常見的惡性腫瘤之一，隨著經(jīng)濟(jì)的發(fā)展和生活方式的改變，其發(fā)病率逐年上升。探討大腸癌的易患風(fēng)險(xiǎn)、篩選高危人群是當(dāng)前大腸癌防治研究的重點(diǎn)。
　　 單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphism，SNP）是人類基因組中最常見的遺傳變異形式，被認(rèn)為是繼限制性片段長度多態(tài)性（restriction fragment length polymorphism，RFLP）和短串聯(lián)重復(fù)序列（short

2、tandem repeat，STR）之后的第三代遺傳標(biāo)記系統(tǒng)。因其分布廣、密度高及遺傳穩(wěn)定等特點(diǎn)，在人類遺傳學(xué)、免疫學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)以及法醫(yī)學(xué)親子鑒定和個(gè)人識(shí)別等方面具有重要意義和實(shí)際應(yīng)用價(jià)值。
　　 人類低分子量蛋白酶體（low molecular weight proteasome，LMP）基因位于6p21.3，包括LMP2和LMP7兩個(gè)基因座，二者的內(nèi)含子和外顯子均有SNPs，目前研究最多的是位于外顯子的單核苷酸多態(tài)性，由于單

3、個(gè)堿基發(fā)生錯(cuò)配、替換或缺失，造成編碼的氨基酸改變，進(jìn)而影響蛋白質(zhì)表達(dá)及功能。研究發(fā)現(xiàn)，LMP基因多態(tài)性與各種免疫相關(guān)性疾病、病毒感染性疾病、腫瘤性疾病等多種疾病密切相關(guān)，具有遺傳易感性。
　　 LMP與內(nèi)源性抗原的處理、提呈密切相關(guān)。當(dāng)內(nèi)源性抗原進(jìn)入機(jī)體后，LMP將其加工成適于與MHC-I類分子結(jié)合的多肽，這些多肽被相關(guān)的肽鏈轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白運(yùn)送至內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜的腔內(nèi)，經(jīng)高爾基體與新合成的HLA抗原結(jié)合，形成穩(wěn)定的HLA-Ag復(fù)合體，然后表達(dá)

4、于細(xì)胞表面并遞呈給T細(xì)胞。因此LMP是細(xì)胞表面正確表達(dá)MHC-I類分子的重要條件。此外，LMP2和LMP7的同種異型變化，可能導(dǎo)致蛋白酶水解特性的改變，所以可能影響蛋白酶體在細(xì)胞內(nèi)加工抗原的效率和肽譜，從而刺激機(jī)體產(chǎn)生免疫反應(yīng)，誘發(fā)不同的免疫過程，故檢測(cè)LMP基因的多態(tài)性對(duì)某些腫瘤的發(fā)生發(fā)展具有重要意義。
　　 目前尚未見LM P基因與大腸癌相關(guān)性研究。本研究選擇LMP2基因+3152C/T和LMP7基因rs2071543位點(diǎn)，

5、調(diào)查在北方地區(qū)漢族、廣西壯族及大腸癌患者中的多態(tài)性，以分析LMP基因SNPs多態(tài)性分布在不同群體間是否存在差異及其多態(tài)性與大腸癌之間有無相關(guān)性。旨在為人類遺傳學(xué)、免疫學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)及法醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域提供有價(jià)值的參考數(shù)據(jù)。
　　 材料與方法：
　　 1、本實(shí)驗(yàn)研究對(duì)象為：400例北方漢族人群靜脈抗凝血；126例漢族大腸癌患者靜脈抗凝血；160例廣西壯族人群靜脈抗凝血。
　　 2、基因組DNA的提取，據(jù)目標(biāo)序列自行設(shè)計(jì)引物

6、，應(yīng)用PCR限制性片段長度多態(tài)性（PCR restriction fragment length polymorphism，PCR-RFLP）結(jié)合聚丙烯酰胺凝膠電泳（polyacrylamide gel electrophoresis，PAGE）及銀染顯譜的方法檢測(cè)LMP2基因+3152C/T和LMP7基因rs2071543位點(diǎn)遺傳多態(tài)性。
　　 3、直接計(jì)數(shù)法計(jì)算基因型頻率和等位基因頻率，進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡檢

7、驗(yàn)；計(jì)算個(gè)人識(shí)別能力（probability of discrimination power，DP）、雜合度（heterozygosity，HE）、非父排除率（probability of exclusion，PE）、多態(tài)性信息含量（polymorphism information content，PIC）等法醫(yī)學(xué)參數(shù)；用SPSS16.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行χ2檢驗(yàn)，比較不同群體間、北方漢族群體與大腸癌患者組間的基因頻率分布是否有差異。

8、　　 結(jié)果：
　　 1、采用PCR-RFLP方法檢測(cè)，LMP2基因+3152C/T位點(diǎn)在三個(gè)群體中檢出CC、CT、TT三種基因型，LMP7基因rs2071543位點(diǎn)在上述群體中檢出CC、CA、AA三種基因型。
　　 2、在北方漢族人群中，LMP2基因+3152C/T位點(diǎn)C等位基因的頻率為0.7885，T等位基因的頻率為0.2115，CC、CT和TT三種基因型頻率分別為0.6300、0.3171和0.0529；LMP7基

9、因rs2071543位點(diǎn)C等位基因頻率為0.7977，A等位基因頻率為0.2023，CC、CA和AA三種基因型的頻率分別為0.6300、0.3353和0.0347。
　　 3、在廣西壯族人群中，LMP2基因+3152C/T位點(diǎn)C等位基因的頻率為0.6906，T等位基因的頻率為0.3094，CC、CT和TT三種基因型頻率分別為0.4937、0.3938和0.1125；LMP7基因rs2071543位點(diǎn)C等位基因頻率為0.8719，

10、A等位基因頻率為0.1281，CC、CA和AA三種基因型的頻率分別為0.7550、0.1937和0.0313。
　　 4、在大腸癌患者人群中，LMP2基因+3152C/T位點(diǎn)C等位基因的頻率為0.8056，T等位基因的頻率為0.1944，CC、CT和TT三種基因型頻率分別為0.6587、0.2937和0.0476；LMP7基因rs2071543位點(diǎn)C等位基因頻率為0.8175，A等位基因頻率為0.1825，CC、CA和AA三種基

11、因型的頻率分別為0.6667、0.3016和0.0317。
　　 討論：
　　 對(duì)北方漢族、廣西壯族和大腸癌患者三個(gè)群體進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)，分析結(jié)果表明，LMP2基因+3152 C/T和LMP7基因rs2071543兩個(gè)SNPs位點(diǎn)的基因頻率分布，在三個(gè)群體均符合Hardy-Weinberg平衡（p>0.05），說明本實(shí)驗(yàn)抽樣調(diào)查具有群體代表性。
　　 LMP在內(nèi)源性抗原的加工提呈中發(fā)揮重要

12、作用，其調(diào)節(jié)缺失或下調(diào)與許多腫瘤的發(fā)生有關(guān)，如小細(xì)胞肺癌、惡性黑素瘤、卵巢癌等。cao等發(fā)現(xiàn)LMP7基因rs2071543多態(tài)性與食管癌的發(fā)生具有相關(guān)性，Mehta等發(fā)現(xiàn)LMP7基因rs2071543位點(diǎn)多態(tài)性與宮頸癌的發(fā)生有關(guān)。本研究對(duì)LMP基因多態(tài)性與大腸癌相關(guān)性進(jìn)行研究，結(jié)果顯示LMP基因+3152C/T和rs2071543位點(diǎn)基因頻率分布在北方漢族人群和大腸癌患者人群之間無顯著性差異。
　　 將北方漢族和廣西壯族人群在L

13、MP2基因+3152C/T和LMP7基因rs2071543兩個(gè)SNPs位點(diǎn)的基因頻率分布進(jìn)行比較發(fā)現(xiàn)，兩個(gè)人群的基因頻率分布均具有顯著性差異；在LMP2基因+3152C/T位點(diǎn)，北方漢族與河南漢族、中國哈薩克族、曹邦偉等研究的中國漢族和海南黎族人群之間無統(tǒng)計(jì)學(xué)差異，廣西壯族與這些人群有顯著性差異；在LMP7基因rs2071543位點(diǎn)，北方漢族與曹邦偉等研究的中國漢族、海南黎族、西班牙、和德國人之間有顯著性差異，與河南漢族和墨西哥人無差異

14、，廣西壯族與河南漢族、曹邦偉等研究的中國漢族、海南黎族、西班牙人之間有顯著性差異，與德國人和墨西哥人無統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。
　　 本研究還對(duì)LMP基因+3152C/T和rs2071543兩個(gè)SNPs位點(diǎn)在北方漢族和廣西壯族人群中的法醫(yī)學(xué)應(yīng)用價(jià)值進(jìn)行了評(píng)估：在北方漢族人群中，LMP2基因+3152C/T位點(diǎn)的H、DP、PE和PIC分別為0.3172、0.4997、0.1390和0.2779，LMP7基因rs2071543位點(diǎn)的H、DP、P

15、E和PIC分別為0.3353、0.4893、0.1353和0.2707；在廣西壯族人群中，LMP2基因+3152C/T位點(diǎn)的H、DP、PE和PIC分別為0.3938、0.5884、0.1680和0.3365，LMP7基因rs2071543位點(diǎn)的H、DP、PE和PIC分別為0.1938、0.3608、0.0992和0.1984。
　　 結(jié)論：
　　 1、LMP2基因+3152C/T和LMP7基因rs2071543位點(diǎn)等位基

16、因在北方漢族、廣西壯族和大腸癌患者人群中的分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。
　　 2、LMP2基因+3152C/T和LMP7基因rs2071543位點(diǎn)多態(tài)性與散發(fā)性大腸癌無相關(guān)性。
　　 3、LMP2基因+3152C/T和LMP7基因rs2071543兩個(gè)SNPs位點(diǎn)基因分布在北方漢族和廣西壯族人群之間具有顯著性差異；LMP2基因+3152C/T位點(diǎn)基因頻率在北方漢族人群與河南漢族、中國哈薩、中國漢族、海南