蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)周期的檢測(cè)及α-螺旋內(nèi)疏水力的分析.pdf

1、研究蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)對(duì)生命科學(xué)有重要意義，因?yàn)槊鞔_了蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，有助于了解蛋白質(zhì)的作用，了解蛋白質(zhì)如何行使其生物功能，認(rèn)識(shí)蛋白質(zhì)與蛋白質(zhì)(或其它分子)之間的相互作用，這無論是對(duì)于生物學(xué)還是對(duì)于生物醫(yī)學(xué)和生物藥學(xué)，都是非常重要的。JamesL.Cornette等人于1986年發(fā)表了文章，針對(duì)八十多條蛋白質(zhì)系列的樣本用數(shù)字信號(hào)處理的方法發(fā)現(xiàn)了α-螺旋的周期為3.6到3.7個(gè)氨基酸之間，β-折疊的周期為2.0個(gè)氨基酸。我們?cè)谘芯康鞍踪|(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)

2、測(cè)問題的過程中使用了以上結(jié)論。但是一些審稿人指出，隨著現(xiàn)在試驗(yàn)得到的蛋白質(zhì)數(shù)量的增加，原先在小范圍內(nèi)得到的結(jié)論是否正確還需要檢驗(yàn)，不可以直接使用。為此，本文的第一部分嚴(yán)格地遵照J(rèn)amesL.Cornette等人于1986年所用的數(shù)學(xué)方法(傅立葉變換方法和最大特征值法)用最新的PDB數(shù)據(jù)庫中三種有代表性的蛋白質(zhì)序列集合研究了蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)α-螺旋和β-折疊的周期性，驗(yàn)證了α-螺旋的周期為3.6-3.7，β-折疊的周期為2.0。并對(duì)此結(jié)果

3、進(jìn)行了顯著性檢驗(yàn)t-檢驗(yàn)。本文的第二部分的論點(diǎn)是：由于α-螺旋的周期為3.6到3.7之間，我們就分別統(tǒng)計(jì)α-螺旋相差兩個(gè)殘基和相差三個(gè)殘基的兩個(gè)氨基酸之間疏水值的作用關(guān)系，利用相對(duì)熵值作為尺度，發(fā)現(xiàn)α-螺旋內(nèi)疏水力的作用非常顯著。特別其中氨基酸A，E，L，K對(duì)組成α-螺旋的貢獻(xiàn)最大，于是，將20個(gè)氨基酸賦予新的反映α-螺旋內(nèi)部疏水力的指標(biāo)，在此指標(biāo)下，每個(gè)氨基酸序列就成了一個(gè)數(shù)值序列，將它作八項(xiàng)移動(dòng)平均所得的新數(shù)列與螺旋結(jié)構(gòu)對(duì)應(yīng)關(guān)系很強(qiáng)