蛋白質(zhì)翻譯后修飾和細(xì)胞信號(hào)通路的生物信息學(xué).pdf

1、在本文中,我對(duì)過去五年來在蛋白質(zhì)翻譯后修飾組的生物信息學(xué)方面所取得的進(jìn)展作一簡(jiǎn)要的介紹。我的主要研究工作為蛋白質(zhì)翻譯后修飾及細(xì)胞信號(hào)通路的生物信息學(xué)。各種功能分子例如磷酸基團(tuán)、脂基團(tuán)等通過與蛋白質(zhì)上特殊的氨基酸形成共價(jià)鍵的方式結(jié)合,能夠顯著的改變?cè)摰鞍踪|(zhì)的生化特性,并在許多的細(xì)胞生理過程中發(fā)揮著重要的作用。盡管目前已有超過350種的蛋白質(zhì)翻譯后修飾被發(fā)現(xiàn),由于實(shí)驗(yàn)研究手段欠佳和數(shù)據(jù)的零散不齊,僅有很少的幾種得到了較為系統(tǒng)的描述。

2、　　通過實(shí)驗(yàn)的方法來鑒定蛋白質(zhì)的翻譯后修飾位點(diǎn)常常需要耗費(fèi)大量的精力,并且酶反應(yīng)的優(yōu)化時(shí)一個(gè)極為耗時(shí)的過程,從而嚴(yán)重的制約了相關(guān)性研究的進(jìn)展速度。通過計(jì)算預(yù)測(cè)的方法進(jìn)行預(yù)先的分析,能夠大大削減可供參考的靶位的數(shù)目,對(duì)于進(jìn)一步的體內(nèi)或體外的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證有指導(dǎo)和幫助的意義。
　　之前有研究者通過計(jì)算的手段來研究一些翻譯后修飾,例如,磷酸化、糖基化、硫酸鹽化和肉豆蔻酸化等。然而,最近實(shí)驗(yàn)生物學(xué)的發(fā)展指出了這些工具的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性有待提高。為此,

3、我們開發(fā)了更為精確的計(jì)算模型并使用了更為有效的算法來推進(jìn)該領(lǐng)域的研究。除了磷酸化,我們還考慮了其他的一些較新的翻譯后修飾,例如SUMO化、棕櫚?；约百嚢彼?精氨酸甲基化等。
　　我們開發(fā)設(shè)計(jì)了一些簡(jiǎn)單易用的在線工具。例如,我們使用GPS和貝葉斯決策理論算法,分別構(gòu)建了預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)磷酸化位點(diǎn)的GPS和PPSP網(wǎng)站。我們使用了CSS算法來預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)棕櫚?；稽c(diǎn)。并且,我們使用支持向量學(xué)習(xí)機(jī)的算法,開發(fā)設(shè)計(jì)了在線工具M(jìn)eMo來預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)