Calpain切割修飾和蛋白質(zhì)磷酸化綁定的生物信息學(xué)分析.pdf

1、蛋白質(zhì)翻譯后修飾通過改變蛋白質(zhì)的生化特性在許多細(xì)胞生理過程中發(fā)揮著舉足輕重的作用。然而現(xiàn)有的實(shí)驗(yàn)技術(shù)水平有限以及相關(guān)數(shù)據(jù)不足導(dǎo)致僅有很少的幾種翻譯后修飾得到較為系統(tǒng)的研究分析。傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)方法，如定點(diǎn)突變，質(zhì)譜分析，肽段文庫(kù)等常常需要耗費(fèi)大量的時(shí)間和精力，從而嚴(yán)重制約了相關(guān)研究的進(jìn)展。近年來(lái)，計(jì)算預(yù)測(cè)的方法在數(shù)據(jù)的前期分析以及靶位限制方面做出了巨大貢獻(xiàn)，為進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證提供了有效地指導(dǎo)和幫助。在過去的三年里，我的主要研究工作是Calpa

2、in介導(dǎo)的切割修飾以及PBD依賴性的磷酸化綁定的生物信息學(xué)分析。大量的研究證實(shí)，這兩種蛋白質(zhì)翻譯后修飾在許多細(xì)胞生理過程中發(fā)揮著重要作用，如基因表達(dá)調(diào)控，信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)以及細(xì)胞有絲分裂進(jìn)程等。臨床分析表明修飾異常往往和疾病密切相關(guān)。
　　 本研究為識(shí)別具體的修飾位點(diǎn)深入探討了其分子機(jī)理，相繼開發(fā)了針對(duì)calpain切割位點(diǎn)預(yù)測(cè)的GPS-CCD 1.0和Plk磷酸化綁定以及磷酸化位點(diǎn)預(yù)測(cè)的GPS-Polo 1.0軟件。并且，我們用GPS

3、-CCD 1.0對(duì)一系列切割位點(diǎn)不明的calpain底物做了詳細(xì)的注釋。另外，我們利用GPS-Polo 1.0全面分析了真核細(xì)胞中磷酸化蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)，并對(duì)Plks介導(dǎo)的磷酸化綁定以及磷酸化位點(diǎn)做了進(jìn)一步注釋?；诘鞍踪|(zhì)序列分析及體內(nèi)體外的生化與細(xì)胞實(shí)驗(yàn)有力地證明了Plk1和Mis18B存在相互作用，而磷酸化的T14和S48是PBD結(jié)構(gòu)域綁定的位點(diǎn)，并且這種磷酸化綁定的結(jié)合方式促進(jìn)了Mis18B的穩(wěn)定性。不僅如此，我們還系統(tǒng)地對(duì)潛在的Pl