蛋白質(zhì)泛素化的生物信息學(xué)分析.pdf

1、蛋白質(zhì)翻譯后修飾對(duì)蛋白質(zhì)的成熟,結(jié)構(gòu)和功能的多樣性起著重要的作用。然而由于蛋白質(zhì)翻譯后修飾的多樣性、普遍性、動(dòng)態(tài)性,傳統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)方法嚴(yán)重制約了研究進(jìn)展?，F(xiàn)在,在實(shí)驗(yàn)研究基礎(chǔ)上,基于不同算法開發(fā)了多種計(jì)算工具,用來預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)共價(jià)修飾的位點(diǎn),大大加快了研究的進(jìn)展。
　　 泛素化作為一種十分重要的翻譯后修飾,在細(xì)胞內(nèi)發(fā)揮著重要的作用。Β-TrCP(beta-transducin repeat-containing protein)是眾多

2、E3連接酶中的一種,通過識(shí)別某些特定的底物引導(dǎo)其泛素化,從而參與生命活動(dòng)中各項(xiàng)重要過程。在本研究中,我們開發(fā)了針對(duì)β-TrCP結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)的GPS-BeTrlP1.0。另外,我們從GPS-BeRrIP1.0預(yù)測(cè)的結(jié)果中挑選Ankra2、Nudc和Trfl作為實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的對(duì)象。體外的生化試驗(yàn)有力地證明了Ankra2、Nudc和β-TrcP存在相互作用。并且Ankra2上的S280、S284對(duì)促進(jìn)其降解起重要作用。
　　 近來研究表明

3、,在原核生物中,原核類泛素蛋白(prokaryotic ubiquitin-like protein,PUP)被發(fā)現(xiàn)起到類似于真核生物中的泛素的作用。Pupylmion是PUP通過一系列生化反應(yīng)連接到底物上的過程。我們開發(fā)了預(yù)測(cè)pupylation位點(diǎn)的計(jì)算工具GPS-PuP1.0。我們收集了238個(gè)不知道確切位點(diǎn)的底物,并以此檢測(cè)GPS-PUP1.0性能。我們成功預(yù)測(cè)出了～85％底物蛋白質(zhì),而且每個(gè)底物蛋白質(zhì)上至少有一個(gè)潛在位點(diǎn)。不僅