鉀離子通道蛋白序列分析與預測.pdf

1、離子通道是存在于所有細胞膜和細胞器膜（細胞核，線粒體，內(nèi)質網(wǎng)等）上的一種特殊跨膜蛋白，各種離子可以通過離子通道上的孔道進出細胞。離子通道根據(jù)門控機制的不同可分為配體門控離子通道、電壓門控離子通道等。對于大多數(shù)電壓門控型離子通道而言，通道對通過的離子有很強的選擇性。離子能否通過通道取決于離子的電荷（正或負）和大小。因此，離子通道又可根據(jù)其通透的離子不同，稱為鈉離子通道、鉀離子通道等。
　　電壓門控型鉀離子通道（Kv通道）是一種重要的

2、電壓門控陽離子通道，鉀離子進出細胞依賴于細胞膜上電壓的改變。一般來說，電壓門控鉀離子通道為四聚體，包括四個電壓感受結構域（VSD,包括四個螺旋,S1,S2,S3和S4）和一個中央孔道結構域，這些結構域在序列和結構上比較保守。特別是在S4螺旋上有幾個高度保守的帶正電殘基。進年來，對鉀離子通道的研究主要集中在電生理實驗研究方法和分子動力學模擬方法，在序列分析方面研究較少。
　　本論文基于氨基酸序列，對鉀離子通道蛋白和非鉀離子通道蛋白進

3、行了統(tǒng)計分析和預測。首先，我們建立鉀離子通道蛋白和非鉀離子通道蛋白序列數(shù)據(jù)庫，這些序列分別取自NCBI蛋白數(shù)據(jù)庫和UniProt蛋白數(shù)據(jù)庫，并進一步處理為非冗余的數(shù)據(jù)庫。第二，基于構建的數(shù)據(jù)庫，我們統(tǒng)計分析了鉀離子通道蛋白和非鉀離子通道蛋白在序列特征方面的差異，并利用統(tǒng)計的方法提取出能夠表征兩類蛋白差異的參量。我們使用支持向量機方法，訓練出能夠識別鉀離子通道蛋白和非鉀離子通道蛋白的分類器，并對兩類蛋白進行了分類預測，預測精度為90.3％