MicroRNA靶標預(yù)測軟件的測評及靶標基因特征分析.pdf

1、MicroRNA 是一類重要的小分子RNA，其在后轉(zhuǎn)錄階段調(diào)控靶標基因的表達，識別microRNA的靶標基因是認識其調(diào)節(jié)功能的關(guān)鍵。由于傳統(tǒng)的實驗方法存在費時耗財?shù)戎T多問題，采用計算的方法則成為識別microRNA 靶標基因的有效途徑之一。目前雖然已研制了多個microRNA 靶標基因的預(yù)測軟件，但是預(yù)測軟件的性能測評標準卻各不相同。為此進行了microRNA 靶標預(yù)測軟件的測評及靶標基因特征分析的研究。
　　 首先針對micr

2、oRNA 靶標基因預(yù)測軟件測評標準不一致的問題，采用了生物信息學(xué)研究中廣泛使用的預(yù)測軟件評價參數(shù)（敏感度、假陽性率、信噪比），在質(zhì)量可靠的Tarbase數(shù)據(jù)集上測評了5個知名的microRNA 靶標基因預(yù)測軟件。測試結(jié)果顯示預(yù)測軟件的預(yù)測精度普遍偏低。對于保守基因的預(yù)測，敏感度最高為0.474，而對于非保守基因的預(yù)測，最高敏感度僅為0.332。根據(jù)各軟件的預(yù)測結(jié)果和特點，進一步提出了使用microRNA 靶標基因預(yù)測軟件的基本建議。

3、r>　　 然后對microRNA 靶標基因的轉(zhuǎn)錄特征進行了分析。基于Ensembl，Vega等注釋數(shù)據(jù)庫提供的基因注釋信息，分析了Tarbase中靶標基因的可變剪切轉(zhuǎn)錄本數(shù)目的情況，發(fā)現(xiàn)靶標基因有非常顯著的傾向轉(zhuǎn)錄多個可變剪切轉(zhuǎn)錄本，其p-value為1.43E-51。進一步分析了靶標基因與可變polyA位點之間的關(guān)聯(lián)性，同樣發(fā)現(xiàn)兩者之間關(guān)聯(lián)的統(tǒng)計結(jié)果具有顯著性，其p-value為9.27E-25。分析結(jié)果顯示靶標基因與選擇性剪切機制