基于信息熵與廣義線性混合效應(yīng)模型的APA位點(diǎn)組織特異性分析.pdf

1、mRNA的多聚腺苷化是真核生物中基因表達(dá)的一個(gè)重要步驟。Poly(A)位點(diǎn)標(biāo)識著基因末端，有助于確定基因注釋及提高基因結(jié)構(gòu)預(yù)測。若一個(gè)基因上存在多個(gè)poly(A)位點(diǎn)稱為選擇性多聚腺苷化(Alternative polyadenylation，APA)，APA位點(diǎn)廣泛存在于動(dòng)物和植物中，并且在基因的轉(zhuǎn)錄中起著非常重要的作用。APA位點(diǎn)會(huì)導(dǎo)致產(chǎn)生多種mRNA，而不同mRNA的表達(dá)與生物的繁殖以及生物變異有著密切的聯(lián)系。研究表明APA位點(diǎn)在

2、不同的組織中存在著差異使用，并且在一些組織中特異表達(dá)。APA位點(diǎn)的組織特異性的分析也是進(jìn)一步探尋poly(A)位點(diǎn)生物功能的重要方式。因此，本文通過對APA位點(diǎn)表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，以期獲得具有組織特異性的poly(A)位點(diǎn)。
　　對APA位點(diǎn)進(jìn)行分析，首先需要獲得poly(A)位點(diǎn)的數(shù)據(jù)。然而，由于測序策略的不同以及處理測序數(shù)據(jù)的方法不同，使不同研究獲得poly(A)位點(diǎn)的方式也不同，目前仍沒有一個(gè)自動(dòng)化的流程來處理測序數(shù)據(jù)。因此本

3、文設(shè)計(jì)了一個(gè)自動(dòng)化的處理流程來處理poly(A)相關(guān)高通量測序產(chǎn)生的海量測序數(shù)據(jù)，以最終識別poly(A)位點(diǎn)，并提取APA位點(diǎn)。
　　在分析APA位點(diǎn)的組織特異性方面，本文采用了基于信息熵以及廣義線性混合效應(yīng)模型的混合方法。首先通過信息熵對APA位點(diǎn)數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)篩選，從大量的APA位點(diǎn)中初步篩選潛在的組織特異的APA位點(diǎn)，再通過廣義線性混合效應(yīng)模型計(jì)算殘差以反映位點(diǎn)的組織特異性程度。并設(shè)計(jì)對殘差的置換檢驗(yàn)方法，得到具有統(tǒng)計(jì)顯著性的