蛋白質(zhì)復(fù)合體的模塊度函數(shù)與識別算法研究.pdf

1、蛋白質(zhì)復(fù)合體對于研究細(xì)胞活動具有重要意義。因此,從蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中有效地識別出蛋白質(zhì)復(fù)合體,是能夠促進(jìn)生物信息學(xué)向前發(fā)展的一項重要工作。
　　蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)具有復(fù)雜的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu),其中包含很多連接緊密的模塊,這些模塊也具有較特殊的生物學(xué)意義。因此,挖掘網(wǎng)絡(luò)中的緊密連接的模塊,是解決蛋白質(zhì)復(fù)合體識別問題的重要方法。本文以蛋白質(zhì)復(fù)合體識別問題為核心,主要研究內(nèi)容如下:
　　(1)針對蛋白質(zhì)復(fù)合體的生物特性,本文分析了已知蛋白

2、質(zhì)復(fù)合體的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。得出的結(jié)論是:在蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)中存在著大量的,相互重疊的,規(guī)模較小的蛋白質(zhì)復(fù)合體。
　　(2)為了識別網(wǎng)絡(luò)中的模塊,Newman等人提出了模塊度函數(shù)Q,目的是衡量網(wǎng)絡(luò)中模塊劃分質(zhì)量。然而,經(jīng)過分析發(fā)現(xiàn),Q函數(shù)存在一些不足。因此,本文以Q函數(shù)為基礎(chǔ),提出了適合蛋白質(zhì)復(fù)合體識別的模塊度函數(shù)PQ。
　　(3)由于蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)規(guī)模較大,結(jié)構(gòu)復(fù)雜,所以本文提出了蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)初始模塊選擇方法,以提高蛋白