核糖體管道作用蛋白質(zhì)折疊機(jī)制的模擬研究.pdf

1、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)錯綜復(fù)雜，其折疊問題一直是研究的熱點。深入了解蛋白質(zhì)的體內(nèi)折疊機(jī)制在闡明蛋白質(zhì)錯誤折疊的致病機(jī)理及尋找治療方法等方面都具有非常重大的意義。
　　為了研究核糖體輸出通道在蛋白質(zhì)折疊初期所扮演的角色，構(gòu)建了圓柱體的管道模型，選取多個小蛋白為研究對象，其中包括SH3結(jié)構(gòu)域（PDB：2NUZ）、死亡結(jié)構(gòu)域（PDB：1DGN）、絲氨酸蛋白酶抑制劑（PDB：2CI2）以及人類免疫缺陷病毒P6蛋白（PDB：2C55），進(jìn)行全原子分子動

2、力學(xué)模擬計算，研究其在管道中的折疊行為。研究表明，前期在管道內(nèi)的折疊可以有效促進(jìn)蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的形成；無論其天然態(tài)構(gòu)象為全α螺旋、全β片層、α/β混合結(jié)構(gòu)還是無序序列，在管道內(nèi)的前期折疊都可以快速的形成穩(wěn)定的α螺旋，而且從管道中折疊的蛋白質(zhì)被釋放到自由空間中以后，能快速塌陷形成局部的三級結(jié)構(gòu)，已形成的二級結(jié)構(gòu)仍然可以保持高度的穩(wěn)定性，對其后期折疊有正面的促進(jìn)作用；其次，對于天然態(tài)結(jié)構(gòu)中包含β片層的多肽，其在管道中的折疊不能形成或僅能形成